Служилые люди и казаки стали выступать против соборного руководства: «И приходили на подворье Троицкого монастыря х келарю старцу Авраамию Палицыну многие дворяне и дети боярские, и гости многие разных городов, и атаманы, и казаки, и открывают ему совет свой и благоизволение, прине-соша ж и писание о избрании царском». На этих совещаниях у влиятельного келаря и было решено провозгласить царем шестнадцатилетнего Михаила Романова, сына пленённого поляками Филарета. Представитель славного боярского рода, он по молодости ни в какой «измене» не был, а его родичи находились в обоих лагерях — и в Москве, и в Тушине. К романовской «партии» примкнули видные бояре и приказные дельцы: И. В. Голицын, Б. М. Лыков, И. Б. Черкасский, Б. Г. и М. Г. Салтыковы; поддержало её и высшее духовенство — Освященный собор. Против выступали предводители ополчений Д. Т. Трубецкой и Д. М. Пожарский, бывший глава Семибоярщины Ф. И. Мстиславский, воевода князь И. С. Куракин и другие представители аристократии.
Бояре решили было избрать царя жребием по списку из восьми персон, в котором не было имени Михаила Романова. По иронии судьбы династию, призванную восстановить порядок в стране, избрали казаки. Как сообщали шведские лазутчики, именно казаки и «чернь» «с большим шумом ворвались в Кремль к боярам и думцам», обвиняя тех, что «не выбирают в государи никого из здешних господ, чтобы самим править и одним пользоваться доходами страны...»:
«...И приидоша атаманы казачьи и глаголеша к бояром: “Дайте нам на Росию царя государя, кому нам служити”. Бо-ляра же глаголеху: “Царския роды минушася, но на Бога жива упование возложим, и по вашей мысли, атаманы и всё войско казачье, кому быти подобает царём, но толико из вельмож боярских, каков князь Фёдор Иванович Мстиславской, каков князь Иван Михайлович Воротынской, каков князь Дмитрей Тимофиевич Трубецкой”. И всех по имени и восьмаго Пронскаго.
Казаки же, слушая словес их, изочтоша же всех. Казаки же утвержая боляр: “Толико ли ис тех вельмож по вашему умышлению изобран будет?” Боляра же глаголеша: “Да ис тех изберем и жеребьем, да кому Бог подаст”. Атаман же ка-зачей глагола на соборе: “Князи и боляра и все московские вельможи, но не по Божии воли, но по самовластию и по своей воли вы избираете самодержавнаго. Но по Божии воли и по благословению благовернаго и благочестиваго, и христо-любиваго царя государя и великого князя Феодора Ивановича всея Русии при блаженной его памяти, кому он, государь, благословил посох свой царской и державствовать на Росии князю Феодору Никитичю Романова. И тот ныне в Литве полонён, и от благодобраго корене и отрасль добрая и честь, сын его князь Михайло Фёдорович. Да подобает по Божии воли на царствующим граде Москве и всея Русии да будет царь государь и великий князь Михайло Фёдорович и всея Русии”. И многолетствовали ему, государю.