В то же время Елизавета Фёдоровна следила и за жизнью царской семьи. Она с отвращением относилась к Распутину и с осуждением смотрела на доверчивость императрицы к этому, как считала она, проходимцу. Убеждённая в дурном влиянии Распутина, Елизавета Фёдоровна попыталась убедить сестру в личной беседе. Но из этого ничего не вышло. Александра Фёдоровна резко ответила: «Мы знаем, что святых злословили и раньше» и тем самым прервала разговор. Сёстры расстались с тяжёлыми чувствами, и Великая княгиня сказала императрице: «Помни судьбу Людовика XVI и Марии-Антуанетты». К сожалению, её слова оказались пророческими.
Когда Елизавета Фёдоровна узнала, что Распутин убит и в этом замешан её любимый воспитанник Дмитрий, она послала две телеграммы – ему и княгине Зинаиде Николаевне Юсуповой, матери другого заговорщика, Феликса Юсупова:
«Москва. 18 дек. 8. 52 м. Княгине Юсуповой. Кореиз.
Все мои глубокие и горячие молитвы окружают Вас всех за патриотический акт Вашего дорогого сына. Да хранит Вас Бог! Вернулась из Сарова и Дивеева, где провела в молитвах десять дней. Елизавета».
Уже после революции она говорила Феликсу: «Ты не мог действовать иначе. Твой поступок был последней попыткой спасти страну и династию. Не твоя вина, что последствия не соответствовали твоим ожиданиям. Это вина тех, кто не захотел понять, в чём состоит их долг. Убивая Распутина, ты не совершил преступления: ты разрушил воплощение сатаны. Но ты не должен и считать заслугой это, поскольку ты был предназначен и руководим, что могло случиться и с другим».
Наступили тяжёлые «февральские дни». Позже всех остальных Романовых Елизавета Фёдоровна, обеспокоенная судьбой обители, 21 марта отправила Временному правительству сдержанную телеграмму: «Признавая обязательным для всех подчинение Временному правительству, заявляю, что и, с своей стороны, я вполне ему подчиняюсь».
Между тем обстановка усложнялась. Представители Временного правительства уговаривали её перебраться в Кремль, но Елизавета Фёдоровна чётко отвечала: «Я выехала из Кремля не с тем, чтобы вновь быть загнанной туда революционной силой. Если вам трудно охранять меня, прошу вас отказаться от всякой к этому попытки». А своей казначейше Гордеевой она запретила закрывать ворота обители со словами: «Разве вы забыли, что ни один волос не упадёт с вашей головы, если на то не будет Воля Господня?»
Она осталась в Москве и после октябрьских событий. Германский император Вильгельм II, который когда-то любил её, дважды – в февральский период и после Октября – предлагал ей уехать из России. Но она отказалась, сославшись на то, что не может и не имеет права бросить обитель, сестёр и то дело, которому посвятила жизнь. Она решила остаться в своей стране, что бы ни произошло: «Я никому ничего дурного не сделала. Буди Воля Господня!» На третий день Пасхи в 1918 году её арестовали.
В тот день в главном храме обители служил сам патриарх Тихон. Через полчаса после его отъезда нагрянули красноармейцы, давшие Великой княгине всего полчаса на сборы. Кстати, это были латыши, видимо, посылать русских чекисты побоялись. Елизавета Фёдоровна успела лишь собрать сестёр в храме, поблагодарила их за самоотверженную работу и, осенив крестным знамением, попросила не оставлять обитель (окончательно закрыта обитель была только в 1926 году). Вместе с настоятельницей в путь отправились две сестры: Варвара Яковлева и Екатерина Янышева.
Сначала Елизавету Фёдоровну привезли в Пермь. Там она жила в монастыре, и ей разрешили посещать церковные службы. Затем Великую княгиню переправили в Екатеринбург, куда также перевезли нескольких членов Дома Романовых: Великого князя Сергея Михайловича, князей Иоанна, Константина и Игоря Константиновичей, князя Владимира Палея. Узники жили в очень тяжёлых условиях, почти впроголодь. В конце мая всех переместили в Алапаевск и поселили в здании Напольной школы, на краю города. Романовы, как могли, пытались привести в порядок своё жилище, вычистили школьный двор, разбили клумбы и устроили небольшой огород. С разрешения охраны посещали церковь и гуляли в поле рядом со школой. Постепенно режим их содержания ужесточился. В ночь с 17 на 18 июля, на следующие сутки после убийства в Екатеринбурге царской семьи, Великую княгиню Елизавету Фёдоровну, её келейницу Варвару Яковлеву (вторую сестру отослали раньше, но Варвара категорически отказалась покидать свою Матушку), Великого князя Сергея Михайловича, его камердинера Ф.С. Ремеза, князей Иоанна, Константина, Игоря Константиновичей и князя Владимира Павловича Палея вывезли за пределы города по направлению к Верхне-Синячихинскому заводу. Мучеников привели к одной из шахт – Нижнеселимской – заброшенного железного рудника. Чекисты ударами штыков и прикладов столкнули узников в жерло шахты, а потом бросили вниз гранаты. Великая княгиня громко молилась и, крестясь, повторяла: «Господи, прости им, не ведают, что творят». (18 июля – день празднования памяти преподобного Сергия Радонежского, духовного покровителя её мужа – Сергея Александровича.)