При Алексее I Комнине (1081–1118 гг.) грамматическая школа для сирот, собранных из разных стран, была учреждена при знаменитом сиротском доме — орфанотрофионе Св. Павла около Акрополя. Анна Комнина писала, что ученики стояли вокруг восседающего учителя: «…там можно увидеть обучающегося латина, говорящего по-гречески скифа, ромея, изучающего греческие книги, и неграмотного грека, правильно говорящего по-гречески».
Наконец, в ту же Комниновскую эпоху, в XII в. под покровительством Патриарха Константинополя была создана Патриаршая школа
из двенадцати учителей, включая наставников по Псалтири, Посланиям Апостолов и Новому Завету (именно последний был известен как икуменикос дидаскалос — «вселенский учитель»). Судя по всему, школа готовила в основном кадры уже для церковной администрации, да и учителями здесь были ученые церковники высокого ранга, такие как великий сакелларий столичного храма Св. Софии Феодор Мелитиниот. Часто ее школяры участвовали в выполнении обязанностей духовенства. И хотя здесь, наряду со священными текстами, изучали математику, механику, оптику, медицину и философию, именно Патриарх занял ключевую роль в развитии византийского высшего образования. Назначение директора в эту школу проходило при его непосредственном контроле. При школе была богатая патриаршая библиотека, включавшая в себя канонические книги, творения Отцов Церкви и даже еретические сочинения. Их хранили в специальном, тщательно запертом сундуке или шкафу, чтобы не вводить в искушение непросвещенные умы.Отдельные школы, которые трудно отнести только к числу средних, существовали при некоторых знаменитых столичных церквах и монастырях, сиротских домах. Так, при величественной церкви Свв. Апостолов — Апостолионе, красиво расположенном на вершине Четвертого холма Константинополя, наряду с грамматикой, риторикой, арифметикой, музыкой, обучали еще и медицине, причем обучение носило характер обсуждений-семинаров. Начиная с X в. здесь собирались, чтобы обсудить образовательные методики: грамматики, риторы и диалектики — в притворе храма, а медики, математики и те, кто занимался геометрией и музыкой, — во дворе-атриуме. Когда споры становились слишком жаркими, просили вмешательства Патриарха.