Как и в 1990-е, процветала компания АО «Вимм-Билль-Данн Продукты Питания» – лидер рынка молочных продуктов и детского питания и один из ведущих игроков рынка безалкогольных напитков в России и странах СНГ. В 2000 г. «Вимм-Билль-Данн» начал выпуск молочных продуктов под маркой «Веселый молочник», в 2002 г. стал первой отечественной пищевой компанией, разместившей свои акции на Нью-Йоркской фондовой бирже (NYSE). В 2003 г. «Вимм-Билль-Данн» начал выпуск «Ламбера» – первого отечественного сыра, успешно конкурирующего на рынке с европейскими марками. В 2007 г. было налажено производство соков для детского питания, а также фруктовых и мясных пюре для малышей под маркой «Агуша». В 2008 г. линейка продуктов детского питания «Агуша» пополнилась сухими молочными кашами и сухими молочными смесями для грудных детей. В конце 2010 г. стало известно, что американская компания PepsiCo договорилась с акционерами «Вимм-Билль-Данна» о покупке компании.
Конкурентом «ВБД» была группа «Юнимилк» – также один из лидеров российской молочной промышленности. В 2002 г. «Юнимилк» приобрел свои самые ценные активы: петербургский завод «Петмол», самарский «Самаралакто» и красноярский «Милко». В конце 2003 г. акции «Юнимилка» выкупили миноритарные акционеры – Андрей Бесхмельницкий и экс-президент «Сибнефти» Андрей Блох. В 2004–2005 гг. «Юнимилк» скупил восемь производственных площадок. Но самым урожайным на приобретения оказался 2006 г., когда производственную базу «Юнимилка» пополнили сразу 14 молокозаводов. В июне 2010 г. «Юнимилк» и французская Danone объявили об объединении своих молочных активов в России и СНГ.
ОАО «Пивоваренная компания «Балтика» в 2000 г. открыла крупнейший в России солодовенный завод «Суффле Санкт-Петербург». Поворотным моментом в истории компании стал 2006-й, когда подавляющее большинство акционеров высказались за объединение компании с пивоваренными компаниями «Вена», «Пикра» и «Ярпиво». А в апреле 2008 г. «Балтика» вошла в международную группу Carlsberg.
В 2003 г. была создана крупнейшая российская и одна из крупнейших в мире транспортных компаний – ОАО «Российские железные дороги» (РЖД). Создание компании стало итогом первого этапа реформирования железнодорожной отрасли. С 2005 г. пост президента ОАО «РЖД» занимал Владимир Якунин, известный своей благотворительной деятельностью в качестве председателя Попечительского совета Центра национальной славы России и Фонда Андрея Первозванного.
В мае 2002 г. в результате переименования и изменения ЗАО «Северо-Западный GSM» и объединения в рамках одной торговой марки с ЗАО «Соник Дуо» (Москва), ЗАО «Мобиком-Кавказ», ЗАО «Мобиком-Центр», ЗАО «Мобиком-Новосибирск», ЗАО «Мобиком-Хабаровск», ЗАО «Мобиком-Киров», ОАО «МСС-Поволжье», ЗАО «Волжский GSM» и ЗАО «Уральский Джи Эс Эм» было создано ОАО «Мегафон» – первый общероссийский оператор мобильной связи стандарта GSM 900/1800. Успешно развивались и компании «большой тройки» – «Вымпелком», МТС и «Билайн».
Растущие доходы населения обеспечили взрывной рост оборота розничной торговли. В 2007 г. начался бум супер– и гипермаркетов. Если в 1999 г., согласно исследованию McKinsey, их рыночная доля в России не превышала 10 % (в основном россияне закупались на продовольственных рынках), то теперь цивилизованная торговля наконец взяла верх. В подмосковных Мытищах открылся первый гипермаркет «Ашан», а в конце года – первая «Мега» в районе Калужского шоссе.
В мае 2006 г. в результате слияния сетей «Пятерочка» и «Перекресток» была создана компания X5 Retail Group N. V. – крупнейшая в России по объемам продаж продовольственная розничная компания. Компания управляла магазинами нескольких форматов: «мягкими» дискаунтерами под брендом «Пятерочка», супермаркетами под брендом «Перекресток», гипермаркетами под брендом «Карусель», а также магазинами «у дома» под различными брендами. Акционерами компании стали «Альфа-групп» (47,86 %) и основатели «Пятерочки» Андрей Рогачев и Александр Гирда.
В 2008 г. компания возглавила рейтинг «Лучшая розничная сеть – 2007». Руководитель X5 Retail Group Лев Хасис был назван лучшим среди руководителей российских компаний в секторе потребительского рынка. Покупатели признали «Пятерочку» маркой № 1 в России, Лев Хасис стал лауреатом премии «Человек торговли – 2010», а компания – лауреатом премии Best Retail Top.