Благодаря этому «изъятию» главного источника доходов, приходские церкви остались почти вовсе без средств. Д. Ф. Самарин указывает, что многие из помещиков, представлявших при крепостном праве свои церковные общины, пытались вести борьбу против этих мероприятий, но безуспешно. В течение первого десятилетия XIX века самоуправление церковноприходских общин было окончательно убито и постепенно заменилось нынешним церковно-административным бюрократическим строем.
Это падение приходской жизни вызвало ряд самых грустных явлений, в числе которых Д. Ф. Самарин ставит на первый план «терпимое святотатство» или повсеместное утаивание церковных доходов и средств. Соглашаясь, что при господстве крепостного права было трудно организовать правильную церковную общину, Д. Ф. Самарин выражал пожелание, чтобы с освобождением крестьян от рабства и с организацией новых церковно-общественных учреждений — приходских попечительств — было поставлено на очередь воссоздание прихода как юридического лица, имеющего свойственную ему и законом данную организацию.
Указывая на то, что Церковь в России никогда не поглощалась клиром, Д. Ф. Самарин настаивал, что целое Церкви ближайшим образом зависит от устойчивости и самодеятельности составляющих ее мелких ячеек, т. е. правильно организованных приходов.
В 1873 году Д. Ф. Самарин энергично выступил на борьбу с проектированным гр. Д. А. Толстым сокращением приходов и причтов, предпринятым с целью лучшего обеспечения духовенства.
Для исполнения этой задачи было основано особое присутствие в Петербурге с губернскими присутствиями в качестве местных органов. Предполагалось выработать местные нормы для численности приходов, те же приходы, которые этих норм не достигали, подлежали закрытию и присоединению к другим. Все эти теоретические предположения делались с целью, конечно, доброю, но обличали в авторах совершенное незнакомство с истинными потребностями прихода как русской церковной общины, которая по самому существу своему, как религиозное установление, не могла подчиниться бюрократической централизации. На деле из этой реформы вышло очень немного, но смута в православных умах была посеяна сильная.
В 1873 году Д. Ф. Самарин выпустил брошюру, озаглавленную: «Сокращение приходов и обеспечение духовенства».
«Почти четыре года прошло уже, — писал он в этой брошюре, — с тех пор как было обнародовано постановление Главного Присутствия от 16 апреля 1869 года о сокращении приходов и состоящих при них причтов. В это время уже все успели достаточно приглядеться к этой правительственной мере, так что теперь представляется возможность беспристрастно оценить ее. Большая часть духовных и светских журналов отнеслась с сочувствием к ней и старалась уяснить читателям своим всю благодетельность предпринятой реформы. Однако в народе и обществе слагался на нее другой взгляд. На благочиннических съездах, составлявших предварительные соображения о том, как привести эту меру в исполнение, народ с удивлением узнал, что предполагается приступить к сокращению приходов и для этого закрыть некоторые церкви. На этих съездах произошло первое столкновение между официальными защитниками и проводниками этой меры (благочинными и духовенством) и прихожанами, отстаивавшими свои приходские храмы. Прения эти не только не убедили народ, а даже породили в нем всеобщее неудовольствие, так что „Правительственный вестник“ счел нужным напечатать статью, имевшую целью успокоить встревоженное общественное мнение. Цель эта была достигнута. Официальная статья дала надежду, что мера эта или вовсе не будет приведена в исполнение, или коснется только таких церквей, которые можно будет закрыть, не нарушая ни нравственных, ни материальных интересов прихожан».
«К сожалению, — говорит Д. Ф. Самарин, — приходится разочароваться в этой надежде. Губернские присутствия по делам православного духовенства, как оказывается, намерены произвести и отчасти производят сокращения приходов в таких размерах, которые далеко оставляют за собой пределы, указанные в официальной статье».
Приводя эту справку, Д. Ф. Самарин указывает, что меры, проектированные присутствием о сокращении приходов и причтов, затрагивают, в сущности, один общий вопрос об организации прихода, а потому частный вопрос об обеспечении духовенства выделить из него и решить отдельно не представляется возможным. В самом деле, при закрытии прихода коренным вопросом является вопрос о том, как поступить с церковной землей и имуществом упраздняемой церкви? По законам, церковная земля при упразднении прихода не возвращается прихожанам, а передается той церкви, к которой приписывается упраздняемый приход. Точно так же поступается и с церковным имуществом. Для избежания такой несправедливости необходимо признать неотъемлемое право собственности каждой отдельной приходской церкви на принадлежащее ей имущество.