В 1725–1762 годах для улучшения гражданских учреждений не было сделано почти ничего. При Анне в 1740 году было решено ввести подобающее жалованье для значительно числа служащих, но эти усилия не привели ни к чему из-за начавшейся вскоре войны со Швецией (1741–1743); более того, из-за военных расходов жалованье пришлось даже сократить. В 1754 году елизаветинский министр П. И. Шувалов вернулся к идее выплаты достойного жалованья и предложил, кроме того, создать четкую систему образования и продвижения по службе, но все это было отложено из-за Семилетней войны. Таким образом, с 1730-х годов власти поднимали этот вопрос, но мало что делали на практике.
Действуя в меркантилистском и камералистском духе и опираясь на рационалистические идеи Просвещения, Екатерина II решила добиться унификации в пределах империи (см. карту 5). В ее представлении следовало наделить всю имперскую знать одними и теми же привилегиями, институтами и законами, ввести в стране единообразный режим прямого налогообложения (для приграничных земель, где налоговое бремя традиционно было легким, оно увеличивалось) и единую административную систему. Но, сохраняя свой неизменный прагматизм, она не колеблясь оставляла различные налоговые и административные режимы там, где это было целесообразно с экономической или политической точки зрения.
В самом начале царствования Екатерина II обратила внимание на плачевное состояние местного управления, которое она приписывала географическому фактору и устарелой организации. По мере роста населения существовавшее территориальное деление теряло смысл: некоторые губернии были громадными по площади, а некоторые провинции по численности населения превосходили губернии. Кроме того, местные власти не реагировали на запросы центра и были неспособны удовлетворять местные нужды. С 1762 года создавались комиссии для проведения как неотложных изменений, так и более основательных реформ, и после более чем десятилетней работы было предложено повысить эффективность путем децентрализации.
В числе неотложных изменений (1763–1764) было окончательное формальное введение должностей вице-губернатора и помощника воеводы. Был определен круг обязанностей губернатора и воеводы, увеличились пенсии для дворян (те, кто достиг 50 лет и прослужил 25, увольнялись с половинным жалованьем) и жалованье для большинства должностей – почти вдвое. Английский путешественник Уильям Кокс в 1790 году так писал о судебной системе при Екатерине II: «Она подняла жалованье судьям, которые ранее, по недостаточности своего дохода, подвергались почти непреодолимому искушению брать мзду». Одновременно начались энергичные расследования случаев взяточничества со стороны чиновников, возросла роль прокуроров, сделавшихся совершенно независимыми от губернаторов. Усилился контроль со стороны центра, благодаря созданию нескольких департаментов Сената, дублировавших коллегии и снижавших их роль. Стремясь заручиться благосклонностью дворянства и стремясь в долгосрочном плане повысить его значение для государства, Екатерина изменила прежнюю политику, препятствовавшую дворянам пускать корни на местах: в 1764–1766 годах губернаторам и воеводам разрешили приобретать земли в местах службы. Еще в 1760 году, как уже говорилось, увеличился срок пребывания губернатора в должности.
Чтобы создать структуру из примерно одинаковых по площади и оправданных с географической точки зрения единиц, Екатерина дала старт крупному проекту, подразумевавшему картографирование территории и перепись населения. Как указывает Джон Ледонн, если предполагалось увеличить число служащих и платить им больше, каждая территориальная единица должна была быть достаточно населенной, чтобы обеспечивать им жалованье. Между 1764 годом и 1775-м, когда начала осуществляться административная реформа, были предприняты топографические работы, позволившие изменить административное деление империи; созданные на их основе карты образовали «Атлас» 1792 года. Многие губернии потеряли или, напротив, пробрели территории: иногда при этом нарушались местные связи, но часто создавались более устойчивые регионы, с учетом географических особенностей и естественных границ.
Еще до реформы 1775 года создавались новые губернии на приграничных территориях, новоприсоединенных или не имевших административного деления. Особенно урожайным выдался в этом смысле 1764 год. Огромная Сибирская губерния, управлявшаяся из Тобольска, была разделена на две; центром новой губернии стал Иркутск. Колонии Новая Сербия и Славяно-Сербия, основанные в причерноморских степях, вошли в Новороссийскую губернию. Восточнее ее Слободская Украина стала Харьковской губернией; Левобережная Гетманщина подверглась упразднению, на ее месте были созданы три наместничества. В Лифляндии, Эстляндии и Смоленске сидели генерал-губернаторы – фактически полувоенная форма управления.