Как и ранее, города представляли собой «лоскутные одеяла» из участков, относившихся к различным юрисдикциям. Автономного городского пространства европейского образца не существовало, если не считать живших по магдебургскому праву городов бывшей Речи Посполитой, а также Прибалтики. После двух безуспешных попыток ввести городское самоуправление (1699, 1708) были созданы городовые магистраты, продержавшиеся до реформ 1775 года. В какой-то мере городские власти представляли собой параллель губернским и уездным, будучи полностью независимы от них (кроме периода 1727–1743 годов, когда после упразднения Главного магистрата города подчинили губернаторам и воеводам). В ведении магистрата состояли только купцы и городское податное население; он состоял из совета, где заседали бургомистр и ратманы, избиравшиеся из числа состоятельных купцов податными посадскими людьми. Служба в магистрате была обузой, но одновременно возможностью защитить свои деловые интересы. Размер магистрата зависел от численности податного населения.
При магистрате существовал словесный (коммерческий) суд, ведавший делами о контрактах, векселях, банкротствах и т. д. Главный магистрат в Петербурге служил апелляционной инстанцией. Данная реформа оказалась одной из самых успешных. В своих наказах Уложенной комиссии (1767) купцы со всей страны подчеркивали необходимость расширения полномочий словесных судов, тогда как дворяне (как и в XVII веке) жаловались на продажность и неэффективность судов, в которые они обращались.
В соответствии с идеей «хорошо упорядоченного полицейского государства» ожидалось, что городские власти будут основывать общественно значимые учреждения – школы, больницы, приюты для незаконнорожденных детей, откуда те по достижении соответствующего возраста будут выпускаться в армию или во флот, – все то, что губернаторы и воеводы, как предполагалось, должны делать в сельской местности. Осознание этих потребностей в 1720-е годы отражает более общую, всеевропейскую проблему, связанную с городскими бедняками (незаконнорожденные дети, незамужние матери, пожилые люди, инвалиды и другие нуждающиеся); во многих странах, прежде всего католических, за счет церкви и государства создавались приюты, детские дома и различные службы, тогда как в протестантских странах принимались «законы о бедняках», предусматривавшие взносы на их содержание со стороны членов местных общин. В России на это не находилось средств ни у городов, ни у губернаторов с воеводами.
При введении магистратов городские налогоплательщики формально получили новый статус, не менявший, однако, их положения по существу. В московский период посадские люди делились на три группы в зависимости от состояния, а в крупных центрах торговли были еще стоявшие выше них купеческие корпорации – гости и две сотни. Реформа предполагала включение всех «регулярных граждан» (ремесленников, торговцев) в одну из трех гильдий, смотря по их состоянию и роду занятий. То были торговые сообщества, а не ремесленные гильдии европейского вида, поскольку в России отсутствовала подобная традиция. Ниже стояли «подлые граждане» (наемные работники, чернорабочие и т. п.). В первую гильдию входили богатейшие купцы – аналог бывших гостей; они вели крупную торговлю внутри страны и за границей, обретаясь преимущественно в Москве, Петербурге и Туле с ее заводами. Члены гильдий имели право откупиться от рекрутской повинности, но платили подушную подать, налоги на лавки и продажи, принимали на постой войска, несли обременительные служебные обязанности.
Городское население, как и прежде, состояло из людей различного социального положения с различными правами и привилегиями – дворян, солдат, военных разного рода. В XVIII веке податные составляли около 40 % населения городов, дворяне и духовные лица – менее 5 % на каждую категорию, военные и разночинцы – менее 15 % на каждую категорию, крестьян, живших в городах, становилось все больше, и по своей численности они почти сравнялись с податными горожанами. Как уже говорилось, представители всех этих групп присваивали себе право занятия торговлей и производством, ранее принадлежавшее исключительно посадским. В 1755 году дворяне получили монополию на производство и оптовую продажу спиртного, хотя купцы держали трактиры; в 1762-м последние утратили в пользу дворян принадлежавшее им с 1721 года право покупать деревни с крестьянами, приписывая их к фабрикам, и нанимать работников (которые зачастую были крепостными и оброчными государственными крестьянами). Некоторые меры Екатерины II, проникнутые духом физиократии, также подрывали привилегии торговцев: указ от мая 1755 года позволял всем устраивать промышленные предприятия без государственного разрешения, в 1782 году всем, кроме крепостных, было позволено заниматься розничной торговлей, а в конце 1790-х годов это право получили и крепостные (в столичных городах и за плату), что узаконивало существующую практику.