Кроме этого, в рамках реформы были сформированы занимавшиеся повседневным управлением «шестигласные» городские думы, куда входили представители купцов и ремесленников. Губернатор осуществлял общий надзор за административными, финансовыми и судебными учреждениями, создаваемыми в соответствии с реформой. «Устав благочиния или полицейский» 1782 года предусматривал усиление и упорядочение деятельности полиции в городах, которые разделялись на равные по размеру «части» и далее на «кварталы», находившиеся в ведении Управы благочиния. Полицейские в небольших «кварталах» должны были оказывать разнообразные услуги, от разрешения споров до патрулирования улиц и обеспечения общественного благосостояния. Раз в три года горожане собирались на заседание общей городской думы, где избирали судей и членов Управы благочиния. Шестигласная дума финансировала Управу и наблюдала за ее работой.
Жалованная грамота городам (1785) предусматривала создание однородного городского общества: все жители считались гражданами и делились на шесть «разрядов», согласно своему состоянию и роли в городской жизни (домовладельцы, купцы, ремесленники, иногородние и иностранцы, именитые граждане, посадские люди (рабочие)), причем «разряды» являлись межсословными категориями. От каждого разряда в шестигласную думу входил один гласный. Эта дума ведала всеми городскими делами: финансами, судебными разбирательствами, обеспечением законности, торговлей. Мы видим, что Екатерина II мыслила города как автономные образования с высокой гражданской активностью.
Екатерина также занялась еще одной нерешенной проблемой городов, которая за предшествующее столетие только усугубилась: из-за массовых рекрутских наборов солдатские жены и дети часто оставлялись на произвол судьбы; перемещение тысяч крестьян, приписываемых к фабрикам и заводам, также разрушало социальные связи и способствовало увеличению числа бродяг. Магистратам и губернаторам вменялось в обязанность заботиться о неимущих, монастыри и приходские церкви предоставляли им самое необходимое, но никаких систематических усилий не предпринималось. Желая провести в жизнь широкую программу образования российского юношества в духе идей Просвещения и гражданской ответственности, императрица поручила Ивану Бецкому создать ряд образовательных учреждений. Среди них были школы для девочек из дворянского и мещанского сословий, училище для обучения купеческих детей, училище при Академии художеств, Воспитательные дома в Москве и Петербурге; кроме того, Бецкой реформировал петербургский кадетский корпус. (Воспитательные дома обеспечивали себя средствами, успешно управляя банковскими учреждениями – Ссудной, Сохранной и Вдовьей казнами, обслуживавшими вдов и детей.) В те времена путь, который выбрал Бецкой со своими двумя воспитательными домами, в свете европейского опыта казался рискованным: он подразумевал создание громадных учреждений, существующих на государственные и частные средства, вместо местного налогообложения, позволяющего наладить помощь и контроль на уровне общин. Как указывает Д. Рэнсел, руководство домов не смогло добиться удовлетворительной выживаемости (в первые 36 лет из более чем 42 тысяч принятых детей выжило лишь 13 %) и сделать из детей представителей среднего класса, полезных членов общества. В XIX веке стал применяться другой подход, более успешный: в воспитательные дома принимали лишь небольшое число подкидышей и незаконнорожденных, остальных отправляли в деревни на воспитание государственным крестьянам, получавшим за это плату.
Петербург и Москва были не единственными городами, где остро стояли социальные проблемы; Бецкой попытался создать аналогичные дома в 30 провинциальных городах, но не смог из-за отсутствия достаточного количества частных пожертвований. Приступив в 1775 году к административным реформам, власти вновь озаботились этим вопросом и сформировали в губернских центрах Приказы общественного призрения для создания больниц, работных домов, школ и прочих социальных учреждений. Здесь успех зависел от энергии губернских властей и ресурсов, которыми они располагали.