Обращение с лютеранами Прибалтики служит хорошим примером конфессиональной политики империи в этом столетии. Государство предпочитало иметь дело с устоявшимися религиями, предполагая, что они соотносятся с целыми этническими или культурными сообществами; государственная политика была направлена на коллектив, а не личность – право человека на выбор иной религии, кроме данной от рождения, не признавалось. Особенное недовольство вызывали религиозные расколы. Вскоре после того, как среди лютеран стало приобретать популярность пиетистское учение гернгутеров, они были изгнаны из Ливонии (1743) – за разжигание недовольства среди крестьян. В то же время Анна Иоанновна издала указ (1735), подтверждавший свободу вероисповедания для приверженцев признанных ветвей христианства (лютеранской, реформатской (кальвинистской), католической) в Прибалтике; позднее это же сделали Петр III и Екатерина II.
Положение лютеран в империи было вполне благополучным. В XVIII веке существовало восемь епископств, самая многочисленная паства была в Эстляндии и Лифляндии (а также в Курляндии, присоединенной в 1795 году). Основную массу лютеран составляли немецкоязычные дворяне и бюргеры в городах, латышско- и финноязычные крестьяне в сельской местности. В 1710 году жителям прибалтийских земель гарантировали сохранение традиционных институтов и социальных привилегий, включая систему местного управления, где господствовала знать, и представительные учреждения (а также крепостное право для эстонских и латышских крестьян), самоуправление городов, права евангелическо-лютеранской церкви с ее епархиями, приходами, школами, где дети получали начальные знания и узнавали об основах вероучения. Прибалтика в целом и местная лютеранская церковь в частности находились под надзором – довольно слабым – Юстиц-коллегии лифляндских, эстляндских и финляндских дел, созданной около 1720 года. В ведении этой коллегии находились суды немецкого права, гражданская администрация, финансы, налогообложения, отношения между крестьянами и помещиками; в основном она лишь закрепила преобладание немецкоязычной знати в общественной жизни Прибалтики. Ни екатерининские реформы, ни их частичная отмена Павлом не затронули первенствующего положения лютеранской церкви в этих землях.
Лютеранство распространялось и в других регионах страны. Крупные общины и приходы существовали в Москве, Санкт-Петербурге, Казани, Астрахани и многих других торговых центрах. Немало финноязычных лютеран проживало в Карелии; тысячи приверженцев этой религии населяли 117 немецких колоний в Самарской и Саратовской губерниях. Около трех четвертей немецких колонистов в Поволжье были лютеранами, остальные – католиками и реформатами. Колонисты сохраняли немецкий язык, одежду, повседневные обычаи, избегая контактов с русскими и ассимиляции. Пасторов туда присылали преимущественно из Прибалтики (Дерптский университет готовил священнослужителей, занимался публикацией богослужебных и вероучительных текстов на немецком языке), а также из Швейцарии, Саксонии, Пруссии и Голландии. Члены общин регулярно посещали воскресные богослужения, содержали приходские школы. Вся жизнь общины строилась вокруг прихода.
В течение XVIII века так и не появилось отдельного государственного учреждения, которое надзирало бы за этими лютеранскими общинами, но при Николае I лютеранская церковь оказалась в ведении Департамента духовных дел иностранных исповеданий Министерства внутренних дел. Была создана всеимперская административная структура из пяти консисторий – три в Прибалтике, по одной в Москве и Петербурге; лютеране, проживавшие в городах империи и в Поволжье, поступили под контроль одной из этих последних. Консистории, в свою очередь, делились на епископства и группы приходов. Лютеранские школы продолжили существовать при новой структуре.