Восстание началось среди яицких казаков, чье положение отражало изменения, связанные со все более навязчивым вмешательством государства. Они давно уже пользовались относительной свободой, позволявшей заниматься собственными делами, избирать предводителей, охотиться, ловить рыбу и совершать набеги на соседние с нижним Яиком (Уралом) районы в обмен на признание власти царя и оказание при необходимости тех или иных услуг. Изменение статуса казаков произошло в 1748 году, когда правительство распорядилось создать из семи полков обороны так называемой Оренбургской линии, строившейся в целях отделения казахов от башкир, Яицкую армию. Некоторые казацкие старшины благожелательно восприняли создание армии, надеясь обеспечить себе твердый статус в рамках «Табели о рангах», однако большинство рядовых казаков воспротивилось вступлению в российскую армию, считая это решение нарушением свободы и попранием казацких демократических традиций. Казаков также тревожило, что в армии они станут обыкновенными солдатами. Подозрения усилились, когда в 1769 году для борьбы с турками было предложено из небольших казацких войск сформировать некий «Московский легион». Это подразумевало ношение воинской формы, обучение и — самое страшное — бритье бород, вызывавшее глубокое неприятие со стороны староверов.
Во главе недовольных яицких казаков встал Емельян Пугачев. Будучи по происхождению донским казаком, Пугачев дезертировал из российской армии и стал беглым; несколько раз его ловили, но Емельяну всегда удавалось бежать снова. Пугачев назвался императором Петром III, которому якобы удалось спастись; он выступил в защиту старой веры. Возможно, на такую хитрость Пугачев пошел по подсказке кого-то из яицких казаков, но принял предложенную роль с убеждением и щегольством, став фигурой, не подвластной чьим-либо манипуляциям.
Появление Петра III оживило надежды крестьян и религиозных диссидентов, а некоторые меры, предпринятые Пугачевым как царем, укрепили их. Емельян Пугачев экспроприировал церковные земли, возведя монастырских и церковных крестьян в более предпочтительный ранг государственных; запретил покупку крестьян недворянами и прекратил практику приписки их к заводам и рудникам. Он также ослабил преследование староверов и даровал прощение раскольникам, добровольно вернувшимся из-за границы. Освобождение дворян от обязательной государственной службы, не принесшее прямой выгоды крепостным, тем не менее породило ожидания подобного облегчения для них самих.
В любом случае, независимо от политики, внезапное отстранение Петра III от трона вызвало у крестьян сильнейшие подозрения, тем более что его преемницей стала немка, к тому же не являвшаяся православной, как думали многие. Пугачев не был первым, кто заработал себе репутацию, приняв личность пострадавшего и скрывающегося царя Петра, готового вести народ к восстановлению истинной веры и возвращению традиционных свобод. С 1762 по 1774 год возникло около десяти таких фигур. Пугачев стал самой заметной личностью, частично из-за оказанной широкой поддержки, частично благодаря своим способностям; к тому же ему сопутствовала удача.
Столь массовое появление самозванцев в те годы заставляет задуматься над этим феноменом. Самозванец — симптом серьезного заболевания политического организма, расстройства, которое нельзя исправить традиционными мерами, потому что те не дают никакого результата. Для большинства русских сам факт проведения государством фундаментально неверной политики означал — царь в действительности не является царем, он обманщик, самозванец, узурпировавший трон в нарушение Божьей воли. Из этого логически следовало, что необходимо найти «истинного» царя, носящего печать Божественной милости (часто такую печать идентифицировали с какой-то особой меткой на теле человека), и поддержать его притязания на трон. Нелишне вспомнить, как Иван IV, столкнувшись с угрозой своему правлению, сам разыграл комедию, передав другому символы царской власти ради того, чтобы доказать — именно он, и только он предназначен для осуществления Богом данной власти.
Популярность Пугачева во многом возросла из-за того, что он явился в образе невинно пострадавшего, смиренно принявшего отстранение от трона и покинувшего столицу, чтобы скитаться среди своего народа, познавая его страдания и тяготы. Пугачев заявлял, что якобы уже посетил Константинополь и Иерусалим, подтверждая свою святость и власть контактами со «Вторым Римом» и местом смерти Христа.
Обстоятельства, при которых Екатерина пришла к власти, действительно заставляли задуматься о ее легитимности. Недовольство императрицей еще больше усилилось, когда она отменила некоторые из популярных указов своего бывшего мужа, урезав свободы казаков и еще больше сократив и без того скудные права крепостных, лишив их, например, возможности подавать прошения государю.
Первый манифест Пугачева, обращенный к яицким казакам, татарам и калмыкам, вполне соответствовал московской традиции, по которой они служили государю в обмен на свободы и привилегии.