В деревнях сигналом к восстанию являлось появление посланцев Пугачева, называвших себя «казаками Петра III», или просто распространение слухов о приближении «государя». При звуке колокола крестьяне собирались, хватали первое попавшееся под руку оружие — серпы, вилы, дубины, мушкеты — и нападали на ближайшее поместье или брали штурмом государственный кабак. Несколько тысяч дворян и членов их семей, а также управляющие, откупщики, сборщики налогов и священнослужители были убиты или спаслись бегством, заранее узнав о приближении восставших. Эмиссары Пугачева объявляли крестьян свободными от крепостной зависимости, на семь лет освобождали от подушной подати и воинской повинности. На этой стадии в восстании активное участие приняли однодворцы.
Несмотря на причиненные разрушения и страх, который Пугачев внушал помещикам и правительству, ему удалось захватить, правда, всего лишь на несколько дней, только два больших города, Казань и Саратов. Армия Пугачева, временами выглядевшая весьма устрашающе (при осаде Оренбурга она насчитывала около десяти тысяч человек), оказалась в состоянии преодолевать лишь сопротивление небольших гарнизонов и оставшихся верными правительству казаков, но не сумела противостоять значительным подразделениям регулярной армии. Здесь со всей очевидностью проявилась мудрость правительственной политики, согласно которой крестьяне призывались на пожизненную службу. На них совершенно не действовали призывы Пугачева, им не было дела ни до тягот крепостных, ни до казацких вольностей. При всех успехах кампании Пугачева по привлечению сторонников на Нижней Волге, это было всего лишь бегство от преследующей армии, разбить которую — и он это прекрасно знал — ему не по силам.
Вероятно, еще более странно, что донские казаки тоже не поддержали Пугачева, когда тот достиг их региона. Может быть, там хорошо знали, что имеют дело с самозванцем, а не с Петром III. Кроме того, всего несколько лет назад казаки уже поднимали восстание, и, возможно, им просто не хватило энергии на новое выступление. Вдобавок власти внимательно следили за ними.
И все же примечательно, что и донские казаки, не поддерживающие Пугачева, впоследствии прославили память о нем в песнях и фольклоре. Вот комментарий Марка Раеффа: «Они представляли собой пример недовольной и мятежной традиционной группы, оказавшейся перед лицом перемен, угрожающих ей со стороны централизованной абсолютной монархии. Как и в случаях феодальных мятежей и бунтов во имя регионального партикуляризма и традиционных привилегий в Западной Европе, казаки выступали против рациональной модернизации и институционализации политической власти. Они рассматривали отношения с правительством как нечто особенное и личное, основанное на их добровольных служебных обязательствах; в обмен на это казаки ждали от царя защиты их религии, традиционной социальной организации и административной автономии. Казаки шли за самозванцем и поднимали знамя восстания в надежде восстановить прежние особые отношения и обеспечить уважение правительством их социальных и религиозных традиций».
Восстание сильно обеспокоило Екатерину. В своих письмах иностранным монархам императрица пыталась преуменьшить его значение, презрительно отзываясь о «маркизе Пугачеве», но в действительности боялась, что движение, если его возглавит кто-то из русской элиты, может привести к отстранению ее от власти. По тому, как она сама поднялась на трон, Екатерина прекрасно знала, чего стоит придворная верность. Она внимательно следила за ходом восстания и проявляла живой интерес к допросу захваченных в плен бунтовщиков. В манифестах к народу царица показала тонкое понимание психологии, воспользовавшись старым, допетровским алфавитом. Трудно сказать, как повлияло восстание на ее дальнейшую политику, так как реформы, проведенные в 1770-е и 1780-е годы, были запланированы ранее. Вероятно, восстание Пугачева только укрепило решимость царицы полностью интегрировать казачество в армейскую и управленческую структуры. Этот процесс систематически проводился на протяжении всех оставшихся лет правления Екатерины.
Нет сомнения, что восстание усилило ее осторожность и подозрительность в отношении всех возможных источников внутреннего недовольства. На преемников оно произвело тот же эффект: страх возможной пугачевщины фигурировал в числе аргументов при обсуждении вопроса о предполагаемом освобождении крепостных крестьян вплоть до 1862 года, то есть почти столетие спустя.
Возможно, подобные опасения не имели под собой достаточных оснований: опыт показывает, что крестьяне не могут поднять восстание без вождей, пришедших извне. После укрощения казаков потенциальных лидеров не было в течение века. До Бакунина ни один образованный русский, как бы оппозиционно ни был он настроен к самодержавию, не защищал в качестве средства его свержения крестьянское восстание. Многие сошлись во мнении с Пушкиным: «Храни нас Бог от русского бунта, бессмысленного и беспощадного».