Когда в октябре 1700 года скончался патриарх Адриан, Петр получил уникальную возможность воспользоваться образовавшейся заминкой и начать реформу. Находясь под Нарвой с войсками, царь получил несколько писем от боярина Тихона Стрешнева, выполнявшего надзорные функции в Москве в государево отсутствие, и прибыльщика Курбатова. От Стрешнева царь узнает о кончине последнего русского патриарха. Курбатов же докладывает, что патриаршие люди забрали в свои руки всю собственность усопшего главы Церкви и пользуются ей по своему усмотрению. Он же рекомендовал государю последовать старинному обычаю и для начала назначить местоблюстителя престола. Окончив поход, Петр принимает решение передать митрополиту Рязанскому и Муромскому Стефану Яворскому пост местоблюстителя, но с поправками. Из его полномочий изымались хозяйственные: он мог быть волен принимать только решения религиозного свойства, разрешать животрепещущие вопросы раскола и ересей. Патриарший разряд ликвидировался. Официально Яворский именовался «экзархом» или Блюстителем патриаршего престола.
В следующем году, 24 января 1701 года, Иван Алексеевич Мусин-Пушкин получает в свое распоряжение возрожденный Монастырский приказ. Дьяк Ефим Зотов становится его помощником. Восстановленное учреждение вбирает в себя все хозяйственные полномочия, ранее принадлежавшие Церкви. Отныне Патриаршим двором, домами архиереев, монастырскими землями и хозяйствами распоряжалось только это ведомство.
Монастырские мытарства
Особым образом Петр принялся реформировать монастыри. Насильственно надевать на монастыри жесткую государственную сбрую царь-реформатор начал неспроста. Его нелюбовь к черному духовенству граничила с подозрительностью и нередко ненавистью. Винить в этом можно картины его детства. У Ю. Ф. Самарина можно встретить такие строки: «Страшные сцены встретили Петра у колыбели и тревожили всю его жизнь. Он видел окровавленные бердыши стрельцов, называвших себя защитниками православия, и привык смешивать набожность с фанатизмом и изуверством. В толпе бунтовщиков на Красной площади являлись ему черные рясы, доходили до него странные, зажигательные проповеди, и он исполнялся неприязненного чувства к монашеству». Неприятие к черным монахам имело метафизическую, необъяснимую природу. Что касается объективных причин, то монашество той поры было очень весомой антиреформационной силой, стоящей на антипетровской позиции. Из монастырей рассылались «обличительные тетрадки», «писаньица», в которых государя клеймили антихристом, еретиком и демоном. Фактически оппозиционные престолу силы питались именно монахами: их перья грели пропаганду старины и сопротивление модернизации. Можно сказать, что черное духовенство было сердцем этого сопротивления.
Но принимаясь прикладывать свои намерения на практике, Петр, очевидно, действовал неэмоционально, как оптимизатор, а не палач. Намерение царя с точки зрения современного наблюдателя было правильным: очистить эту область от несвойственных ей функций, в частности от накопления капиталов, а также удалить из монастырей посторонних людей, не имеющих к духовному служению прямого отношения. Надо признать, что таких в монастырях тогда было в избытке. Преобразования коснулись не только их хозяйственного аспекта, но и социального. Государь запрещает постригать в монашество женщин до 40 лет. Всех непостриженных надлежало выселить, в богадельнях оставить исключительно немощных и увечных. Хозяйственная самостоятельность купировалась Монастырским приказом, а с 30 декабря 1701 года монахи стали получать денежное и хлебное жалованье исключительно из доходов обители. Обители, в свою очередь, были лишены права владеть вотчинами и угодьями.
«Духовный регламент»