Основной проблемой Бухары, находившейся под протекторатом России, была необходимость серьезных политических реформ. Система управления, которая игнорировала потребности страны ради того, чтобы обеспечивать обогащение эмира и 50 000 членов бухарской бюрократической машины, служила достаточно хорошо, пока Бухара пребывала в изоляции от современного мира, но, когда изоляция была прорвана, эта система стала источником проблем. Ее злоупотребления служили мощнейшим аргументом для русских сторонников аннексии и даже начали вызывать недовольство среди некоторых бухарцев, которые теперь видели, как их система контрастирует с русской, по сравнению с ней казавшейся образцом правильного управления. Бухарское правительство не только предоставляло мало услуг, помимо минимального поддержания законности и порядка и строгого соблюдения религиозных правил, но и высасывало все богатства страны из тех, кто их создавал. Бухарские крестьяне облагались в восемь раз более высокими налогами, чем их сородичи в русском Туркестане. Налоги были не только более высокими, но сам метод их сбора был абсолютно произвольным, и сборщики завышали стоимость их урожая и личной собственности. Помимо обычных налогов и тех, которые были предписаны шариатом, эмир и беки часто вводили специальные налоги. Так, беки часто прибегали к практике взимания специальных налогов для покрытия расходов на развлечения посещавших их русских чиновников или самого эмира, причем размер этих налогов с лихвой покрывал затраты. Взяточничество, продажа помилований и плата за дополнительные услуги правоведов были еще одним способом, которым бухарские чиновники притесняли своих подопечных. В целом, пока эмир получал свою долю и люди не доходили до грани бунта, беки свободно выжимали из подвластного им населения все, что могли. Жалобы эмиру на местных чиновников постоянно отклонялись, а то, что их пребывание в должности было весьма ненадежным, подстегивало беков к максимально быстрому личному обогащению. Однако, если эмир начинал подозревать, что бек забирает себе слишком большую часть доходов своей провинции, чиновник мог лишиться не только своего места и собственности, но и свободы.
Явное недовольство эмира каким-то слишком алчным беком, с одной стороны, и бунт или эмиграция населения – с другой были единственными способами корректировки этой системы узаконенного ограбления. Крестьянские восстания обычно происходили следующим образом. Группа крестьян нападала, а возможно, и убивала сборщика налогов. Затем, ведомые собственной безрассудной смелостью, они шли к цитадели бека и могли даже захватить ее. В течение сравнительно короткого времени войска бека, иногда при помощи подкреплений из соседнего бекства, подавляли восстание и отправляли главарей на казнь к эмиру. После подобного бунта бека могли заменить на другого, чтобы успокоить людей, но его преемник едва ли бывал лучше. Самым крупным крестьянским бунтом периода русского протектората стало восстание в бекстве Балджуан под предводительством Абдул-Восе, произошедшее в конце 1880-х годов. С наступлением нового века крестьянские восстания стали реже прежде всего из-за присутствия по берегам Амударьи русских войск, готовых прийти на помощь любому беку, которому угрожали восставшие. В 1899 году русские пограничные войска помогли беку Куляба остановить поток бухарцев, которых его деспотичное правление вынудило искать убежища на другом берегу реки в Афганистане. Таким образом, русская политика поддержки власти эмира содействовала защите и сохранению системы управления, разъеденной коррупцией и злоупотреблениями, и фактически устраняла любые традиционные способы ее корректировки, которыми являлись восстания, несмотря на то что одновременно с этим контакты с Россией стимулировали местное реформаторское движение.
Истоки местного реформаторского движения