Из двух бывших русских протекторатов Бухара тревожила Ташкент сильнее, однако, как оказалось в действительности, наибольшие проблемы ему доставила Хива. В отличие от осторожного эмира Бухары, всеми силами пытавшегося в эти неспокойные времена сохранить унаследованную им власть и богатство, Джунаид-хан был авантюристом, который получил власть, идя на риск и используя возможности, предоставленные политической нестабильностью, и продолжал делать то же самое. Джунаид провел весну и начало лета 1918 года, консолидируя свою власть над Хивой. Он установил систему правления, опирающуюся на местных военных командиров (атли-баши), ответственных не перед ханом, а непосредственно перед ним, хотя он великодушно позволял Исфандияру получать часть дохода от налогов. Атли-баши осуществляли свою власть в бекствах через хакимов и других чиновников хана, сохранивших места благодаря своему опыту и грамотности. Резиденция Джунаида в Бедиркенте недалеко от Тахты, где он начал строить себе дворец, стала де-факто столицей страны. Под его властью выросли налоги, причем самое тяжелое бремя легло на плечи узбеков. На узбекских крестьян возложили обязательную трудовую повинность по очистке оросительных каналов, в то время как от туркменских крестьян требовалось вооружиться за свой счет для выполнения обязанностей милиции. Народные волнения были постоянной проблемой, но серьезной угрозой они стали только в апреле 1918 года, когда подняли голову давние соперники Джунаида среди племенных йомудских вождей. Восстание вспыхнуло в июле после смерти Шамми-келя и закончилось 1 сентября сдачей Кош-мамед-хана.
20 сентября войска Джунаида совершили налет на Ургенч, где забрали товары и деньги находящихся там русских предприятий и банков, несмотря на то что после ухода Зайцева русская деловая община поддерживала его за неимением других альтернатив. В тот же день русский гарнизон из Петро-Александровска был усилен прибывшим отрядом Красной армии численностью от 60 до 100 человек под началом Н.А. Шайдакова, большевика и бывшего моряка, а ныне военного комиссара Чарджоу. Шайдаков через Петроалександровский Совет потребовал освобождения всех русских арестованных во время налета на Ургенч. Джунаид согласился, но отказался вернуть конфискованные деньги и собственность и посоветовал Шайдакову не вмешиваться в дела Хивы. Предчувствуя, что Исфандияр может обратиться к Шайдакову за помощью, Джунаид 30 сентября послал своего старшего сына в столицу убить хана. Брат Исфандияра Абдулла, унаследовавший трон, хорошо подошел на роль марионетки в руках Джунаида.
В отношении Советского Туркестана Джунаид-хан проводил откровенно агрессивную политику. Он считал коммунистов врагами не потому, что они были марксистами или революционерами, а потому, что они, подобно царским войскам в 1916 году, стояли на пути его амбиций. Несмотря на то что он не был инструментом в чьих-либо руках и в августе 1918 года отказался откликнуться на мольбу Ашхабада задержать наступление Советов на Закаспийскую область, атаковав красных в Петро-Александровске, через три месяца он почувствовал себя достаточно сильным, чтобы напасть на Россию, преследуя собственные цели. До тех пор пока Амударьинский отдел оставался в руках русских, Хива не была гарантирована от вторжения, поскольку их плацдарм, Петро-Александровск, находился внутри состоящего из пустынь периметра, являвшегося для Хивы природным оборонительным рубежом. Имевший для защиты только маленький гарнизон и изолированный от России зимой, когда прекращалась навигация на Амударье, Петро-Александровск казался легкой добычей. 25 ноября войска Джунаида перешли реку в шести местах и начали занимать правый берег. Несмотря на то что сезон близился к концу, пароходу с подкреплениями из Чарджоу удалось добраться до Петро-Александровска и помочь гарнизону отбить 11-дневную осаду. Туркмены Джунаида в беспорядке отступили на левый берег. Последовавшее за этим затишье кончилось в марте следующего года. 28-го русские войска из Чарджоу снова разбили людей Джунаида, на сей раз на хивинской стороне реки возле Питняка. Петроалександровский Совет призвал к аннексии Хивы, но Ташкент уже решил заключить с Джунаидом мир, чтобы высвободить как можно больше войск для наступления на Закаспийском фронте. Потерпев поражение еще в нескольких мелких стычках, Джунаид принял русскую мирную миссию и 9 апреля 1919 года подписал с ней Тахтинский договор о мире. Договор предусматривал немедленное прекращение военных действий, подтверждение независимости Хивы со стороны России, установление нормальных дипломатических отношений, взаимные гарантии свободного движения торговли и амнистию для всех туркменских граждан России, осужденных за антисоветскую деятельность.