После прекращения военных действий русско-хивинские отношения оставались далекими от сердечных. В конце мая Чарджоу попросил Джунаида поставить 700 всадников для наступления на Ашхабад, но, поскольку Джунаид выдвинул неприемлемые условия их оплаты и настаивал, чтобы его людей не использовали в действиях против единоверцев-мусульман, сделка не состоялась. В июле отношения Джунаида с Ташкентом обострились и едва не дошли до разрыва, когда он отказался принять постоянного дипломатического представителя России, которого Туркестан назначил в соответствии с мирным договором. Разгневанный этим отказом, так нарочито контрастировавшим с сердечным приемом, который сразу после этого Джунаид оказал бухарскому посольству, Ташкент потребовал, чтобы его посол был принят, чтобы Джунаид восстановил телеграфную линию, соединяющую Чарджоу с Петро-Александровском, которую он повредил в ноябре предыдущего года, чтобы Хива выдала беглых русских преступников и продала Ташкенту зерно. Джунаид согласился только на то, чтобы позволить русским самим восстановить телеграфную линию, но даже после этого не дал никаких гарантий ее сохранности в будущем. Все остальные требования он отверг.
Летом русско-хавинские отношения дополнительно осложнились из-за мятежа уральских казаков, стоявших в Амударьинском отделе возле Чимбая. К середине августа казаки при содействии местного каракалпакского населения уже контролировали всю дельту Амударьи от Аральского моря до Нукуса. Шайдаков, который 19 августа вернулся в Петро-Александровск в качестве командующего вновь сформированной Хивинской группы войск Закаспийского фронта, попытался подавить восстание, но вскоре обнаружил, что ему придется бороться не только с казаками и каракалпаками. Его пароход, который возил русские войска вверх и вниз по Амударье, был обстрелян с левого берега Джунаидом. После повторного взятия Нукуса Шайдакову пришлось в начале сентября отступить в Петро-Александровск, чтобы защитить свою штаб-квартиру от возможного нападения хивинцев. В конце августа Джунаид-хан снова разорвал телеграфную линию до Чарджоу и начал обсуждать с чимбайскими командирами совместное нападение на Петро-Александровск. К середине сентября Ташкент ожидал, что Хива в любой момент может начать военные действия.
В то время как Джунаид-хан угнетал своих соплеменников в Хиве и планировал распространить свою власть на правый берег Амударьи, младохивинские эмигранты в Туркестане мечтали о его свержении. В конце 1918 года Мулла Джуманияз Султанмурадов создал Петроалександровский комитет младохивинцев. Несмотря на то что первоначально в его состав вошли всего 10–15 человек, комитет быстро расширялся за счет растущего потока хивинцев, бежавших от налогов и трудовых повинностей Джунаид-хана. К концу 1919 года младохивинцы могли похвастаться партийной милицией численностью 500 человек и подпольной ячейкой в столице ханства. Как и у их бухарских коллег, к началу 1919 года в движении возникла коммунистическая фракция, которой руководили русские из парторганизации Петро-Александровска.
Свержение Джунаид-хана
Осенью 1919 года военная ситуация сдвинулась однозначно в пользу коммунистов. В середине сентября снова заработала железная дорога Оренбург – Ташкент, и в течение следующих четырех недель войска Советов из европейской части России разгромили армию Дутова на северной окраине казахской степи под Кустанаем, в то время как силы Ташкента взяли Кизыл-Арват, расположенный на полпути между Ашхабадом и Каспийским морем. К 22 октября Красная армия отбила вторую попытку Юденича осадить Петроград и начала свой финальный поход на Деникина с повторного взятия Орла, находящегося в 200 милях южнее Москвы. Впервые у Советской России появилась возможность консолидировать свои позиции в Центральной Азии и вернуть себе контроль над Бухарой и Хивой. В начале октября Москва создала комиссию по делам Туркестана, подчиненную Всероссийскому центральному исполнительному комитету, съезду Советов и Совету народных комиссаров, которая фактически стала новым правительством Туркестана. «Известия» опубликовали обращение Комиссариата иностранных дел к рабочим и крестьянам Бухары и Хивы, призывая их свергнуть своих правителей и объединиться с рабочими и крестьянами Туркестана и России во имя свободы, равенства и братства. IV съезд КПТ объявил о своей поддержке младобухарцев и младохивинцев в общей борьбе за уничтожение власти британского империализма над ханствами.