Абдулла умолял Россию о прощении, утверждая, что был беспомощным в руках Джунаида, но русские заставили хана отречься в пользу революционного комитета, состоявшего из двух младохивинцев, двух туркменских вождей и одного духовного лица, под руководством председателя Петроалександровского младобухарского комитета Султанмурадова. В феврале атли-баши Джунаида и назначенные ханом хакимы были заменены местными революционными комитетами и Советами, назначенными новым режимом. До этого момента ни младобухарцев, ни туркменских вождей не призывали сменить монархию на республику Советов, но теперь главным источником власти в стране были русские. 8 февраля коммунистическая фракция партии младобухарцев, не представлявшая количественно сколь-нибудь значительную группу, официально попросила Советскую Россию помочь Хиве установить рабоче-крестьянскую диктатуру по русскому образцу, и 1 апреля в Хиву из Ташкента прибыла политическая миссия, чтобы провести выборы на общенациональный съезд Советов. При содействии Ташкента выборы были должным образом проведены, и в конце месяца собрался I Всехорезмский курултай Советов (правильное название: I Всехорезмский курултай народных представителей. –
Свержение эмира Алима
Если хивинскую проблему Россия решила, подавив мятеж в дельте Амударьи и ликвидировав в феврале и марте Закаспийский и Семиреченский фронты, то русско-бухарские отношения в основном продолжали оставаться такими же, как раньше, до крайности пронизанными взаимными подозрениями, хотя случаев откровенно враждебных действий было немного. Завоевание Хивы Советами испугало Алима и заставило пойти на ряд незначительных уступок. Например, открытие свободного доступа в Старую Бухару для граждан России впервые после нападения Колесова или запрет на импорт британских товаров через Афганистан. 30 марта способный молодой командующий Туркестанским фронтом и член Туркестанской комиссии М.В. Фрунзе добился от эмира согласия на обмен дипломатическими представителями и урегулирования всех оставшихся вопросов. В результате Ташкент вернул Бухаре шесть пушек, вывезенных Колесовым два года назад в качестве трофеев. Однако эти жесты не изменили взгляда России на бухарскую проблему. Несколько визитов в ханство Фрунзе и других членов Туркестанской комиссии в марте и апреле подтвердили, что влияние религиозных фанатиков на эмира неизменно, что Алим в большей степени озабочен тем, как бы изгнать младобухарских агитаторов из русских поселений, чем проведением политических и социальных реформ, и что Бухара не собирается устанавливать нормальные торговые отношения с Туркестаном.
Но что еще хуже, Ташкент все больше и больше тревожили донесения о подготовке Бухары и Афганистана к совместному нападению на Россию. После того как в ходе третьей англо-афганской войны (с марта по июль 1919 г.) Афганистан успешно отстоял свою независимость, эмир Аманулла начал проявлять интерес к своему недавно получившему независимость северному соседу, прежде всего благодаря его значимости в качестве буфера от России, но также как возможного члена союза центральноазиатских мусульманских государств, возглавляемого Кабулом, который он намеревался создать. В июле 1919 года Алим обратился к Аманулле с просьбой о материальной поддержке.
В ответ на это в октябре эмир Афганистана направил в Бухару 60 военных инструкторов, полдюжины специалистов по изготовлению оружия и шесть пушек. В январе 1920 года Афганистан открыл в столице Алима постоянное посольство, а Бухара – консульство на севере Афганистана, в Мазари-Шарифе. К апрелю в Ташкент потекли донесения, что Алим оплачивает пребывание в Бухаре 1500 афганцев, которые помогают готовить его армию к войне с Россией. 14 апреля Фрунзе предупредил Ленина, что Советскому Туркестану грозит серьезная опасность, поскольку Бухара и Афганистан лихорадочно вооружаются. В мае Ленин получил из Ташкента и из Комиссариата по международным делам настоятельные просьбы послать войсковые подкрепления для защиты Туркестана от ожидавшегося бухарско-афганского нападения.