Непосредственным результатом продвижения России вверх по Сырдарье и последующих военных столкновений с Кокандом и Бухарой стало временное улучшение русско-хивинских отношений. Хива отстранилась от раздоров ее соседей с Россией, в то время как ее купцы выиграли от приостановки прямой торговли между Бухарой и Россией. Когда русский экспорт в Бухару упал в стоимостном выражении с 4 655 000 рублей в 1864 году до 877 000 рублей в 1866-м, ее экспорт в Хиву за тот же период вырос с 11 000 до 1 565 000 рублей. Однако в 1867 году после возобновления торговли между Россией и Бухарой российский экспорт в Бухару вернулся к прежнему уровню, в то время как экспорт в Хиву упал больше чем на две трети. Тогда Хива возобновила свою традиционную практику набегов на русскую границу, ограбления караванов, участвующих в торговле с русскими, и разжигания проблем России с ее казахскими подданными.
19 ноября 1867 года генерал фон Кауфман в своем первом письме хану Хивы объявил, что русские войска были посланы в низовья Сырдарьи, чтобы наказать грабителей, нападающих на русские караваны. В феврале следующего года кушбеги, правивший северной половиной ханства, выразил протест в связи с тем, что русские перешли Сырдарью, которую он объявил российско-хивинской границей. Вопрос остался нерешенным, поскольку Россия была не готова переключить свое внимание на Хиву, пока Бухара продолжала проявлять открытую враждебность.
1869 год стал годом подготовки. Отношения с Бухарой еще не были полностью улажены так, как хотела Россия, и это практически не оставляло возможностей для развертывания нового военного конфликта. Внимание России было сосредоточено на Красноводском заливе у восточного побережья Каспийского моря, где правительство империи еще в начале 1859 года одобрило создание укрепленного торгового форпоста. В январе 1865 года специальный правительственный комитет снова рекомендовал строительство такого форпоста, чтобы положить конец туркменским грабежам на суше и на море и организовать торговлю с Центральной Азией по новому, более короткому маршруту через Волгу, Каспийское море и Красноводский залив. В то время как путешествие из Оренбурга в Хиву караваном занимало 65 дней, через Красноводский залив оно продлилось бы всего 25. Решение вопроса пришлось отложить, пока шла война с Бухарой, но в мае 1869 года Общество для содействия развитию русской промышленности и торговли подало правительству прошение об открытии торгового пути из Каспия в Амударью. Общество утверждало, что только сокращение торгового пути и снижение транспортных расходов позволит русским товарам конкурировать в Центральной Азии с товарами из Англии.
Генерал фон Кауфман одобрял красноводский проект по другим причинам. Хива становилась все более и более несговорчивой. Одновременно с этим ее правительство подстрекало обитавшее между Каспийским и Аральским морями казахское племя адаев поднять восстание против России. Кроме того, Хива утверждала, что ее граница проходит по реке Эмба, и временами даже – что по реке Урал. Весной 1869 года Кауфман изложил свое мнение директору Азиатского департамента Министерства иностранных дел П.Н. Стремоухову: «Высадка в Красноводском заливе покажет хивинцам и киргизам (казахам), что Его Величество решил остановить распространение бунта… и что, если Хива будет упрямиться, ее раздавят. Я думаю, хан не станет прислушиваться к моим советам, пока не увидит, что принимаются меры для его наказания». 31 мая Стремоухов возразил против такой интерпретации Кауфманом правительственных планов по Красноводскому заливу, настаивая, что Россия решила всего лишь создать укрепленную факторию – «станцию для нашей эскадры, а главное, для развития нашей торговли». Стремоухов подчеркнул, что никакой войны против Хивы не планируется: «Я уверен, что не возникнет никакой необходимости в иностранных военных экспедициях, смею заметить, что правительство должно как можно скорее предпринять все возможные усилия для подавления беспорядков в степи». Характерно, что Петербург и Ташкент смотрели на красноводский проект по-разному. Министерство иностранных дел, как обычно, хотело верить в перспективу мирного контроля над Хивой, тогда как генерал-губернатор возлагал свои надежды на военную акцию.
12 августа 1869 года Кауфман написал Мухаммаду Рахиму, обвиняя его в подстрекательстве к беспорядкам кочевых подданных России, что он допускал удержание русских в Хиве в качестве пленников и что предоставлял убежище бунтовщикам и грабителям, бежавшим с территории России. Кауфман требовал прекратить эти действия и наказать виновных, предупреждая, что «аналогичные действия имели место со стороны Коканда и Бухары, и их последствия вам хорошо известны». 20 сентября он снова потребовал наказания грабителей и возвращения украденной ими собственности, а также освобождения всех русских и бухарских пленных, удерживаемых в Хиве.