Взяв на себя контроль над границей по Амударье, Россия обнаружила, что нуждается в хороших дорогах, по которым до ее пограничных постов могут идти войска и снабжение. Если не считать западной Бухары, дорог для колесного транспорта не существовало. В 1899 году Россия тщетно пыталась убедить Абдул-Ахада заплатить 170 000 рублей за строительство почтовой дороги от русской границы, расположенной к югу от Самарканда, через Шахрисабз, Гиссар и Ширабад в Термез, где за два года до этого был размещен русский гарнизон. В конце концов в 1900–1901 годах дорога была построена за счет России по цене в два раза большей, чем по предварительным подсчетам. Открытая для транспорта 1 января 1902 года, она стала самой современной дорогой в Бухаре. Местами дорога была покрыта щебнем, и через равные интервалы на ней располагались почтовые отделения. Другая дорога, строившаяся с 1900 года и содержавшаяся за счет подневольного труда местных жителей, прошла вдоль правого берега Амударьи и наконец соединила все русские пограничные посты от Керки до Чубека, где поворачивала на север от реки и заканчивалась в Кулябе. В начале XX века доступ русских во внутренние районы Восточной Бухары облегчился за счет строительства дорог из Самарканда в Каратаг, из Ферганы в Гарм и из Ферганы в Калаихум.
Появление в 1880-х годах железной дороги привело к расширению русской почтовой системы до Бухары, и вскоре почтовые отделения открылись в Новой Бухаре, Старой Бухаре, Чарджоу и Керки. Еще одним результатом строительства железной дороги стало удлинение до Чарджоу телеграфной линии, которая первоначально была построена в 1884 году и связывала Каттакурган и Бухару. В 1896 году была проложена новая телеграфная линии из Чарджоу до Керки и Келифа, а в 1902-м появилась еще одна, протянувшаяся вдоль почтовой дороги из Самарканда в Термез. К 1914 году телеграфные провода протянулись по берегам Амударьи от бухарского Термеза в хивинский Ургенч и Петро-Александровск. В 1896 году по истечении 12-летнего договора между эмиром Музаффаром и Назаровым первоначальная телеграфная линия, которая проходила вдоль дороги, находившейся в плохом состоянии, местами на восемь миль отходившей от железной дороги и, таким образом, остававшаяся вне контролируемой русскими железнодорожной зоны и потому почти недоступная для ремонтных бригад, была перенесена за счет Бухары на железнодорожные телеграфные столбы. Кроме того, правительство эмира построило линию, связавшую Старую Бухару с железнодорожным телеграфом в Новой Бухаре.
В 1902 году была наконец урегулирована многолетняя проблема распределения используемой для орошения воды реки Заравшан между Самаркандской областью и Бухарой. Время от времени разные генерал-губернаторы назначали специальные комиссии для регулирования распределения воды. В 1902 году генерал-губернатор Н.А. Иванов учредил новую комиссию, состоявшую из губернатора Самаркандской области, еще нескольких русских, включая переводчика из политического агентства в Бухаре, и представителей правительства эмира, чтобы она пересмотрела протокол распределения воды, разработанный предыдущей комиссией в 1895 году. Столкнувшись с нехваткой точных данных, какая площадь пахотной земли в ханстве зависит от орошения из Заравшана, комиссия остановилась на распределении воды между Самаркандской областью и Бухарой в соотношении два к одному. Затраты на работу и материалы, необходимые для регулирования потока, делились между этими двумя территориями поровну. Это правило, установленное в 1902 году, просуществовало до революции 1917 года, хотя Бухара была постоянно не удовлетворена предоставленной ей долей, особенно в те годы, когда уровень воды в реке был низким.
Во время своего срока пребывания на посту политического агента П.М. Лессар предлагал ввести должность инженера, ответственного за работы по орошению, который был бы прикреплен к политическому агентству, но оплачивался эмиром, поскольку его работа приносила бы пользу Бухаре. Он должен был руководить управлением местной оросительной системой, планировать ее улучшения и обеспечивать выделение правительством эмира необходимых средств. Предложение Лессара ушло в Ташкент, а оттуда в Военное министерство. После почти десяти лет бюрократических проволочек оно вернулось в измененном виде. Законом от 11 декабря 1902 года в Бухаре учреждалась должность технического помощника генерал-губернатора Туркестана. Его обязанности заключались в том, чтобы надзирать за оросительной системой, всеми разведывательными и строительными работами, проводимыми русскими в ханстве, а также исполнять функции городского архитектора в русских поселениях. Бухара должна была оплачивать примерно треть его расходов. В отношении первоначальной цели Лессара, состоявшей в том, чтобы заставить эмира проводить общественные работы в интересах своих подданных и русской торговли с ханством, деятельность технического помощника оказалась совершенно неэффективной.
Бухарские евреи