Проблемой, по поводу которой русское и бухарское правительства сходились во мнениях, хотя она касалась ограничения прав значительного числа подданных эмира, было отношение к бухарским евреям. Являвшиеся ветвью ближневосточного и персидского еврейства, бухарские, или центральноазиатские, евреи обосновались в долине Заравшана, вероятно, со времен империи Ахеменидов, то есть в VI веке до н. э. С тех пор их количество увеличилось за счет нескольких волн иммиграции из Персии и Месопотамии. Численность бухарских евреев составляла 8000–9000 человек, большая часть которых проживала в столице. Будучи торговцами и ремесленниками, они играли важную роль в экономической жизни ханства, однако на них было наложено множество жестких ограничений. Бухарские евреи являлись субъектами мусульманского права, хотя не могли свидетельствовать против мусульман. Их облагали произвольным налогом на право жить и работать в городах ханства. Им требовалось разрешение эмира, чтобы купить дом у мусульманина. Кроме того, им запрещалось ездить верхом, даже на ослах, а внутри городских стен они должны были одеваться особенным образом: носить черную шапочку и халат темного цвета, подпоясанный не ремнем, а куском веревки. Неудивительно, что бухарские евреи с радостью встретили русских завоевателей Центральной Азии как своих освободителей от мусульманской тирании.
Россия традиционно относилась к центральноазиатским евреям гораздо более благосклонно, чем к их европейским собратьям. В 1833 году для центральноазиатских евреев было сделано специальное исключение из закона, запрещавшего евреям в целом заниматься бизнесом в России за пределами черты оседлости. Через девять лет евреи из Центральной Азии получили равные с бухарскими и хивинскими мусульманами права торговать в Оренбургском генерал-губернаторстве. Наконец, в 1896 году для центральноазиатских евреев также было сделано исключение из общего правила, запрещавшего иностранным евреям селиться в России или становиться русскими подданными.
Достаточно большое количество бухарских евреев воспользовалось этими привилегиями и исключениями, а также данными всем бухарским подданным по договорам 1868 и 1873 годов правами вести бизнес и иметь собственность в русском Туркестане. В 1870-х годах и в начале 1880-х многие евреи эмигрировали в генерал-губернаторство, где жить было гораздо проще, чем в ханстве. Генерал фон Кауфман считал присутствие бухарских евреев выгодным для русского Туркестана и полезным для оказания влияния на Бухару. Не удовлетворившись своей деятельностью в Туркестане, богатая колония бухарских евреев вскоре выросла в самой Москве.
Однако во времена царствования Александра III в рамках государственной политики русификации, включавшей в себя усиление ограничений в отношении евреев в России, бухарские евреи начали терять свое привилегированное положение. Петербург особенно беспокоила привлекательность русского Туркестана в глазах евреев из ханства. И дело не только в том, что Россия получала все больше и больше этих нежелательных иммигрантов, но и в том, что тот факт, что притесняемые еврейские подданные эмира находили пристанище в России, мог нежелательным образом сказаться на престиже эмира в Бухаре. Первый удар был нанесен по праву бухарских евреев владеть недвижимым имуществом в генерал-губернаторстве – праву, которое было закреплено за всеми бухарцами согласно статье 12 договора 1873 года и статье 262 «Положения об управлении Туркестанским краем». В нарушение предыдущих договоренностей законом от 23 мая 1889 года бухарские евреи были отделены от бухарских мусульман и лишены права владеть недвижимостью в русском Туркестане. Абдул-Ахад по понятным причинам не возражал против такого ограничения прав своих еврейских подданных, поскольку это соответствовало его собственным интересам.