Основные усилия новой власти были направлены на совершенствование системы управления и упрочение финансового положения страны. Для выработки предложений по законодательному регулированию различных сфер жизни был создан ряд комиссий, однако приняты их предложения были лишь частично. Так, Екатериной II было отвергнуто предложение Н. И. Панина
о создании специального совета при императрице, который фактически должен был ограничить ее власть, а также предложения по расширению сословных прав дворянства, в т. ч. по владению крепостными. Созданный позднее Совет при императорском дворе имел лишь совещательный статус. В 1763 г. была осуществлена реформа Сената, по которой он был разделен на шесть департаментов со строго определенными функциями, что сделало работу этого высшего правительственного учреждения страны более эффективной и оперативной. При этом в Сенате Екатерина II видела лишь «хранилище законов», т. е. его основной функцией провозглашалось наблюдение за соблюдением законов, а в праве издания новых законов ему было отказано. В том же году были опубликованы новые штаты местных учреждений, однако полностью ввести их в действие не удалось из-за нехватки средств на оплату труда чиновников. В 1764 г. была заново осуществлена секуляризационная реформа, отмененная Екатериной в начале царствования из-за ее непопулярности. В результате реформы от крепостной зависимости освободилось около 1 млн. крестьян, из которых была сформирована особая категория «экономических» крестьян, чей статус был приближен к статусу государственных крестьян. Православная церковь была поставлена этой реформой не только в административную, но и в финансовую зависимость от государства, которое теперь определяло количество монастырей и монахов в государстве, еще более жестко регламентируя, таким образом, духовную жизнь подданных. Значительная часть монастырей (всего около 500) были выведены «за штат», т. е. лишены финансового обеспечения и постепенно закрыты.В том же 1764 г. было окончательно ликвидировано гетманство на Украине (новый гетман — К. Г. Разумовский
— был избран в царствование Елизаветы Петровны), воссоздана Малороссийская коллегия и туда был назначен генерал-губернатор П. А. Румянцев, получивший инструкцию стремиться к приведению всей системы управления в этом регионе к общероссийским образцам. Целью правительственной политики становилась унификация управления на всем имперском пространстве, с помощью чего можно было бы, как считалось, получить максимальный экономический эффект от использования национальных окраин. Однако политика интеграции Украины проводилась осторожно и постепенно. Лишь в начале 1780-х гг. было ликвидировано существовавшее тут административное деление на полки и сотни и на всей Левобережной Украине образованы три наместничества. В 1783 г. последовал указ о запрете крестьянских переходов, т. е. о фактическом установлении на Украине крепостного права, что диктовалось в первую очередь фискальными интересами государства, поскольку постоянное перемещение крестьян по территории Украины затрудняло сбор податей.Составной частью национальной политики Екатерины II явилось и приглашение в 1764 г. в Россию иностранных колонистов. Эта мера диктовалась как необходимостью освоения территорий Поволжья, Приуралья и Новороссии, так и популярными в то время популяционистскими теориями, ставившими процветание государства в зависимость от размеров народонаселения. Уже в последующие два года в Россию прибыло около 30 тыс. немецких переселенцев, осевших преимущественно в Саратовской губернии. В основном это были люди, занимавшиеся сельскохозяйственным трудом, причем предполагалось, что они останутся в России навсегда. Считалось, что колонисты не только принесут государству экономическую выгоду, но и продемонстрируют преимущества свободного труда, станут образцом высокой культуры сельскохозяйственного производства, что имело непосредственное отношение к политике в сфере крепостничества.