Положение Чарторыйского в роли руководителя ведомства иностранных дел стало невозможным. В марте 1806 г. он обратился к императору с письмом, в котором дал любопытную характеристику сложившихся отношений. Он выясняет как причину полной неудачи попыток внести единство и планомерность в управление делами государства стремление Александра «брать исключительно на одного себя ответственность не только за каждое принятое решение, но даже за его исполнение, вплоть до самых мельчайших подробностей», его стремление «все решать единолично, как в делах военных, так и в гражданских», особенно в острые моменты, «когда дело идет о принятии таких решений, от которых зависит спасение или гибель государства». Входя во все детали иностранных дел, Александр лично избирал представителей России за границей или ставил рядом с ними доверенных людей, особо уполномоченных, не считаясь обычно с мнением министерства; сам редактировал и изменял инструкции. Выполнение коллективно намеченных планов теряло устойчивость и последовательность под давлением его личных действий. То же и в делах военных. Чарторыйский укорял Александра в замедлении рекрутского набора и приказов о мобилизации, в несвоевременном движении войск на театр действий – из-за его личных колебаний и медлительности. Отъезд Александра в действующую армию состоялся вопреки настояниям окружающих. Ему указывали, насколько его присутствие свяжет высшее командование, подорвет его ответственную самодеятельность, перенесет эту ответственность всецело на него самого. «Государь, – писал ему Чарторыйский, – не доказавший еще на опыте своего уменья командовать, никогда не должен ставить себя в такое положение, где, в известный критический момент, он может быть вынужден принимать сам лично быстрые и бесповоротные решения». А при армии Александр, не принимая открыто командования, связывал главнокомандующего своими решениями, подрывал его авторитет, выслушивая разноречивые мнения штабных генералов, лично осматривал передовые позиции и движения колонн, чтобы быть на виду у армии, вместо того чтобы «лишь в крайних случаях пользоваться тем впечатлением, какое производит на войска его личное появление», как ему советовали.
Но Александр не мог примириться с такой организацией управления, которая, как ему казалось, отдаляет его от власти, ни тем более от такой постановки военного управления и командования, которая отдаляет его от армии. Держать в своих руках все устои «силы правительства», лично определять все направление и содержание правительственной деятельности и возможно ближе, непосредственнее руководить ее ходом, как в ее целом, так и в существенных деталях, было для Александра не только делом личного честолюбия, но и сознательным выполнением выпавшей на его долю роли правителя-самодержца, к тому же захваченного широкими планами перестройки своей империи и всей Европы на принципиально новых основаниях. Александр вернулся в Петербург после Аустерлица сильно подавленным. Де Местр сообщал о нем, что его удручает мысль о бесполезности императора, который не в силах стать полководцем. Однако, разбираясь в крайне тяжелом и сложном политическом положении, он нашел себе выход из упадка духа – в уничтожающей критике действий исполнителей своих предначертаний и союзников. Мысль сосредоточивается на возможности реванша, который вернет к прежним широким планам, на сохранении и подготовке необходимых для этого условий.