На себя царь Алексей часто берет рассмотрение и вершение, наблюдение и постановку разных дел, вне обычного установленного порядка, по личному своему усмотрению. Круг таких дел, поступавших в Тайный приказ, в личное ведение царя и его доверенных людей, определялся весьма разнообразными мотивами. В их состав могло войти всякое дело, которое стало известно царю тем или иным путем и привлекло к себе его живое внимание. Во время польской войны и всего малороссийского дела Тайный приказ иногда конкурировал с Разрядом и приказом Посольским в получении «отписок» о ходе дел и сообщении царских распоряжений и инструкций; иногда новшества, вводимые на Руси по иноземному образцу, ведались в Тайном приказе, пока царь лично следил за их развитием; такова была, например, судьба «гранатных дворов», впервые налаживавших изготовление гранат, или организация почтового сообщения с Западом через Литву и Курляндию; через Тайный приказ проявлялся царский почин в вызове из-за границы мастеров-рудознатцев и направление розысков разной руды и залежей ценных горных пород. В эпоху исправления церковных книг интерес царя Алексея к этому делу сказался в том, что в Тайном приказе сосредоточен был значительный запас книг новой печати для раздачи по монастырям и церквам и даже отдельным лицам в виде царского пожалования.