Одновременно, в ходе операции по разгрому ВОАП, были арестованы и анархисты, не имевшие к ней никакого отношения и лишь благодаря своей известности попавшие в поле зрения чекистов. Так, 4 ноября 1919 г. в гостинице Михеева на Тверской ул. был арестован Павел Алексеевич Еремеев, в это время настроенный на сотрудничество с большевиками и работавший членом коллегии Владимирского губернского подотдела социального обеспечения и охраны труда2291
. 26 сентября чекисты арестовали трех делегатов Cаратовской объединенной группы анархистов-коммунистов, приехавших в Москву на запланированный, но несостоявшийся II Всероссийский съезд анархистов-коммунистов: Хая Абрамовна Одле, Петр Романович Осипов и Мария Вартановна Петросова2292. В большинстве своем эти люди вскоре были освобождены, поскольку очевидной была их непричастность к какой-либо подпольной борьбе анархистов2293.Между тем деятельность подпольных групп анархистов началась раньше и проводилась в самых разных регионах. Так, в начале 1919 г. подпольная группа Д. Бондаренко организовала ряд экспроприаций советских учреждений в Екатеринославе и Харькове2294
. Сводки ВЧК фиксировали сильную активность подпольщиков в Самаре. Здесь образовалась группа «анархистов подполья», лидерами которой были М. Коган, А. Заславский, С. Маринский. Среди самарских подпольщиков были военнослужащие. Например, Маринский, служивший курсантом на Командных инженерных курсах. Другой активист этой организации служил печатником в типографии при 4-й армии. Нелегальная группа начала издавать весной 1919 г. газету «Подпольный коммунар». Самарские подпольщики распространяли прокламации ВОАП и поддерживали связи с анархистами в Туркестане2295. 15 ноября 1919 г. в Самаре были арестованы 17 анархистов, организовавших подпольную типографию, проводивших агитацию среди красноармейцев и местного населения, распространяя анархическую литературу. В сводке ЧК утверждается, что они планировали совместно с местными левыми эсерами приступить к вооруженной борьбе2296. 20–21 декабря 1919 г., по данным сводок ВЧК, была ликвидирована еще одна организация анархистов подполья в Самаре, совершившая несколько экспроприаций. Были арестованы 19 чел. При обыске были обнаружены два пулемета системы «Максим», два пулемета «Кольт», запасные стволы к ним и пулеметные ленты, ящики с винтовочными патронами, 234 ручные бомбы2297.В дни празднования Октябрьской революции в 1919 г. в Туле анархисты нелегально разбросали листовки антибольшевистского содержания. Один из них был задержан2298
. Анархистское воззвание, направленное против большевистской диктатуры в 1919 г. нелегально выпустили стародубские анархисты. В сентябре связанная с ними К.В. Булдина попыталась создать подпольную анархистскую группу в Гомеле. Булдина 11 октября 1919 г. была приговорена к 3 годам общественных работ, Двое ее наиболее активных товарищей по подпольной работе получили по году заключения в концлагере2299.По данным сводки ВЧК на 1-15 июля 1920 г., в Петрограде действовали три анархистские группы численностью 45 чел. Две из них («чернознаменцы» и «непримиримые»), вероятно, были подпольными, активно распространяя антибольшевистские листовки. Совместно с подпольщиками действовали и сагитированные ими члены РКП(б)2300
.