Близким другом графа стал видный юрист А.Ф. Кони, который посвятил Гейдену свою книгу «На жизненном пути». Оба они принадлежали к «шестидесятникам», с воодушевлением встретившим александровские реформы. В этих людях жил и бескорыстный труд, и высокое чувство долга, и возвышенное понимание звания судьи. А.Ф. Кони потом писал, что общение с графом Гейденом «укрепляло и ободряло нравственно».
Занимая высокий пост начальника канцелярии по принятию прошений на Высочайшее имя (1886–1890), Гейден всегда стремился действовать по закону, последовательно боролся против чиновничьего бюрократизма, с разного рода «протекциями». Однако, по его собственному признанию, он «пришелся не ко двору» и вынужден был выйти в отставку, правда, с весьма хорошей пенсией (3000 рублей). К тому времени Гейден имел высокий чин тайного советника (произведен 1 января 1890 года) и три ордена (Св. Станислава 2-й степени, Св. Анны 2-й степени, Св. Владимира 3-й степени).
Вместе с женой и дочерью граф Гейден жил то в Петербурге, то в своем имении Глубокое, под Псковом. Он занялся хозяйством – выписывал из-за границы новейшие машины, нанимал хороших специалистов, следил за иностранными книжными и журнальными новинками по сельскому хозяйству. Особой его гордостью было известное на всю Россию племенное стадо. Не чурался он и постановки фабричного дела, прекрасно ориентировался в банковских, финансовых хитросплетениях. Неудивительно, что и мать, и сестра, и другие родственники просили наладить и их хозяйства, что он охотно и делал.
Еще состоя на службе, П.А. Гейден активно занялся общественной деятельностью. В 1883 году он был избран уездным гласным в Опочецком уезде Псковской губернии, а с 1889 года – губернским гласным. С 1895-го он стал к тому же уездным предводителем дворянства. Тогда же Гейдена избрали президентом Вольного экономического общества (ВЭО). Время его президентства совпало с походом бюрократии против Общества, являвшегося средоточием экономической мысли и одним из центров притяжения оппозиционной интеллигенции. Гейден, по определению секретаря ВЭО Хижнякова, являлся идеальным президентом, давал простор для творчества и в то же время мужественно защищал организацию от натиска властей. В апреле 1898 года министр внутренних дел И.Л. Горемыкин и министр земледелия А.С. Ермолов в письме Николаю II просили изменить устав ВЭО, отмечая, что оно стало «ареной борьбы политических страстей при явно антиправительственном направлении большинства докладчиков». Со своей стороны, граф Гейден полагал, что любое подавление инакомыслия несовместимо с человеческим достоинством. Он дважды обращался к царю с всеподданнейшими докладами, в которых отрицал противозаконную деятельность ВЭО и обвинял Министерство внутренних дел в клевете. Тогда же он писал министру Ермолову, что нападки на Общество есть не что иное, как поход против проявления какой-либо самостоятельной инициативы, на которую не испрошено было предварительного административного разрешения. «Между тем такая самостоятельная инициатива, – настаивал граф, – крайне желательна и необходима. Всеми признано, что Россия отстала от других стран на поприщах торговли, промышленности и сельского хозяйства. Везде на окраинах иностранцы вытесняют русских, неспособных пробудиться от своей апатии, своей вековой спячки. А хотят люди проснуться и пользоваться своими правами в пределах закона и устава, так сейчас хотят их урезать».
Гейден всегда исходил из того, что государство сильно духом своего народа, а не усердием чиновников. Такой президент ВЭО, естественно, был неприемлем для бюрократии, и в начале 1900 года она мобилизовала все силы для того, чтобы на очередных выборах провести на пост президента Общества своего человека. 23 марта 1900 года на выборы явились даже чиновники, никогда не посещавшие Общества, присутствовали начальники различных канцелярий, департаментов, даже некоторые заместители министров. Был настоящий бой, и он окончился поражением бюрократии – Гейден был вновь избран 115 голосами против 70.
О самостоятельности, инициативности Петра Александровича говорит уже тот факт, что он еще до своего первого президентского срока (в ВЭО он состоял с 1885 года, а президентом избирался четыре раза: в 1895,1897, 1900,1903 годах), в 1891–1892 годах, когда разразился голод, вместе с двумя англичанами, привезшими в Россию 50 000 рублей для голодающих, выезжал в Симбирскую губернию и без участия официальных властей (таково было условие жертвователей-англичан) раздавал деньги голодающим. Был он и попечителем больницы, а во время Русско-японской войны готовил санитарный отряд для отправки на фронт.
П.А. Гейден был одним из очень немногих в высших кругах империи, кто сумел отрешиться от узкосословной точки зрения на развитие событий в России, на ее судьбу. Понимая, что страна «на переломе», он бросается в самый водоворот общественно-политической жизни. Он хотел, чтобы Россия пошла по эволюционному пути, без крови и насилия.