Гучков поддержал Столыпина, когда тот ввел военно-полевые суды, объясняя это тем, что «во время гражданской войны власть должна прибегать к скорым и суровым репрессиям, производящим впечатление. Иначе она ослабит самое себя». Одобрил он и роспуск I Думы, слишком революционной и потому не готовой к сотрудничеству с правительством: «Я не только не ставлю роспуск Первой Думы в упрек правительству, я ставлю правительству это в заслугу… Государственная Дума второго призыва, если она пойдет по пути первой Думы, не оппозиционному пути, а революционному… тоже заслужит роспуска».
Сотрудничество с исполнительной властью привело А.И. Гучкова в более умеренную III Думу, причем во главе лидирующей фракции октябристов. Он вошел в важнейшую комиссию по государственной обороне. У него установились хорошие отношения с министром обороны А.Ф. Редигером (они регулярно встречались за чашкой чая), завязались многочисленные контакты с военными, уважавшими Гучкова как участника нескольких войн и нашедшими в его лице человека, которому можно пожаловаться, у которого можно просить помощи.
В 1910 году Александра Ивановича избрали председателем Думы (на место ушедшего в отставку Н.А. Хомякова), хотя он и успел прославиться к тому времени рядом резких выступлений. С одинаковой смелостью критиковал он как своих «соседей справа» (сторонников неограниченной монархии) за тщеславие и препятствие «врачеванию» страны реформами, так и «соседей слева» – за антипатриотизм и симпатии к террористам. Гучков не мог забыть, что в ноябре 1905 года кадетское большинство отклонило его предложение ввести в резолюцию земско-городского съезда осуждение насилия и убийств как средства политической борьбы. Обвинял он партию кадетов в том, что она «ловко подсела на запятки русской революции… дрянной скрипучей телеги, которая завязла… в кровавой грязи». И даже вызвал на поединок П.Н. Милюкова – тот позволил с трибуны заявить, что «Гучков утверждал неправду». Дуэль удалось замять, но она оказалась не единственной за время парламентской карьеры лидера октябристов. В 1910 году Александр Иванович стрелялся с товарищем по фракции октябристов А.А. Уваровым, обвинив его в «доносительстве», передаче правительству внутрипартийной информации. Дуэлянтов судили; Уварова при этом оправдали, а вот Гучкова приговорили к четырем месяцам тюрьмы (правда, исполнение наказания перенесли на думские каникулы – дабы не срывать работу народных представителей). Летом он сам пришел в Петропавловскую крепость «на отсидку» и провел ее довольно комфортно: с утренним чтением свежих газет, прогулками с видом на Неву, рассылкой друзьям открыток с изображением бастиона Петропавловки и надписью «Моя камера». Через неделю царь помиловал осужденного.
Два года спустя Гучков стрелялся с подполковником Мясоедовым, обвинив его в шпионаже в пользу Австро-Венгрии. Близорукий подполковник промахнулся, Александр Иванович выстрелил в воздух, позже дав комментарий: «Я не собирался застрелить человека, который должен быть повешен как шпион». Позже Мясоедов и был повешен как шпион: его окончательно уличили и осудили во время Первой мировой войны (правда, современные историки не находят четких доказательств его виновности).
Гораздо более серьезные последствия для А.И. Гучкова имели его выступления против царской семьи. В 1908 году он выступил с призывом к великим князьям (а значит, близким родственникам Николая И) самим уйти из сферы управления военными и морскими делами: их неподконтрольность и непрофессионализм губительно сказывались на обороноспособности страны. Военный министр Редигер считал, что Гучков прав, – и поэтому хранил молчание. А вот царь несказанно возмутился! Его симпатии к Гучкову сменились неприязнью, которая в 1912 году переросла в открытую враждебность.
Связано это было с именем Распутина, чье влияние на царскую семью стало привлекать всеобщее внимание. А.И. Гучков не просто выступал со словами о «мрачных признаках средневековья» и предупреждал о накапливающемся в стране негодовании. Он первым открыто, с думской трибуны, заявил, что за спиной Распутина «стоит целая банда, пестрая и неожиданная кампания, взявшая на откуп и его личность, и его чары», наглое «коммерческое предприятие, тонко ведущее свою игру». «Первый раз с думской трибуны, – вспоминал позднее А.И. Деникин, – раздалось предостерегающее слово Гучкова о Распутине: „В стране нашей неблагополучно…“ – Думский зал, до тех пор шумный, затих, и каждое слово, тихо сказанное, отчетливо было слышно в отдаленных углах. Нависало что-то темное, катастрофическое над мерным ходом русской истории…»