После октябрьского переворота Павел Иванович выступил последовательным противником большевистского режима. Он входил в основные контрреволюционные организации, стремившиеся отстоять либеральные ценности в условиях формирующейся однопартийной диктатуры. Был членом Совета общественных деятелей, Правого центра и Всероссийского национального центра, где выступал в поддержку восстановления в России сильной государственной власти в форме конституционной монархии или единоличной диктатуры. «Большевизм, – сказано им в 1918 году, – свергнут не будет, но нам предстоит пережить термидоровскую реакцию, т. е. поворот большевиков к буржуазным путям политики. Мировой разум заставляет большевиков творить свою волю, большевизм рассосется, и процесс уже начался. Путь термидоровской реакции – это тот путь, по которому нам придется идти». В известной работе «О путях и задачах русской интеллигенции» (1918) Новгородцев подчеркивал утопизм идеологии большевизма и видел смысл деятельности мыслящих людей в противостоянии ему, в подготовке юридических актов переходного периода. В то же время он считал нецелесообразным в условиях кризиса (в мае 1918 года) решать общие вопросы, например заниматься разработкой конституции, поскольку не решены окончательно фундаментальные вопросы, такие как положение окраин, в частности Украины. Павел Иванович был убежден: «Когда Россия начнет воссоздавать свой организм, он возродится на началах равноправия национальностей и областных автономий, возврата к старому быть не может».
О мужестве и духовной силе этого человека в период большевистского террора рассказывал И.А. Ильин. Новгородцев выступал его оппонентом на защите диссертации 19 мая 1918 года – сразу после проведенного у него чекистами ночного обыска, когда он чудом избежал ареста и расстрела. «Тревожно простился я с ним, уходящим; я знал уже, что такое подвал на Лубянке, – вспоминал И.А. Ильин. – Поберегите себя, Павел Иванович! Они будут искать Вас! – Помните ли Вы, – сказал он, – слова Сократа, что с человеком, исполняющим свой долг, не может случиться зла ни в жизни, ни по смерти?»
С 1918 года П.И. Новгородцев становится участником сопротивления большевизму на Юге России, поддерживая в целом программу А.И. Деникина. Одним из первых в либеральном движении он оценил большевизм как диктатуру качественно нового типа и указал на ее угрозу миру. В условиях Гражданской войны на Юге России и революции в Германии он отмечал ограниченность выбора альтернативной большевизму формы политического устройства. Данный выбор в условиях революционного кризиса возможен не между демократией и авторитаризмом (как это было ранее в период борьбы с самодержавием), но между диктатурами двух типов: социалистической, разрушительный характер которой соответствует утопичности ее идеологии, и военной диктатурой, основная цель которой – восстановление стабильности и возвращение к правовой норме. Та дилемма, которая возникла в России в период конфликта Керенского и Корнилова, справедливо предвидел Павел Иванович, будет неоднократно повторяться в истории, а ее разрешение возможно путем установления либо режима большевистского типа, либо – диктатуры бонапартистского типа. В январе 1919 года он делает вывод: важно разъяснить союзникам мировую опасность большевизма (поскольку они недооценивают «внешней привлекательности большевистской отравы»); необходимо преодолеть внутренние разногласия антибольшевистского движения (связанные с различием внешнеполитических ориентаций) и организовать эффективную и быструю иностранную помощь антибольшевистскому движению в России, «пока она не опоздала».