После установления советской власти в центре возвратился на Урал, умело организуя и там переход к новой власти. С декабря 1917 года был членом Екатеринбургского комитета РСДРП(б), комиссаром по военным делам Уральского областного Совета. В январе 1918 года — комиссар юстиции Урала, а с мая — военный комиссар Уральского военного округа. Формировал красногвардейские и красноармейские части и отряды для борьбы с войсками атамана А. И. Дутова, затем с восставшими белочехами! В конце июня 1918 года послан в Москву для выяснения решения центра о судьбе бывшего императора Николая II и его семьи, находившихся в заключении в Екатеринбурге. 14 июля Голощекин возвратился из Москвы и доложил президиуму Уральского областного Совета, что «центр» предоставил им право решать этот вопрос самостоятельно. В сентябре 1918 — январе 1919 года — начальник политотдела 3-й Армии, член Сиббюро ЦК РКП(б) Ф. И. Голощекин проводил партийно-политическую работу в армии, в тылу войск адмирала Д. В. Колчака, создавал подпольные большевистские организации, руководил партизанским движением. Член РВС Туркестанской армии Восточного фронта, председатель Челябинского губревкома, вместе с В. В. Куйбышевым и М. В. Фрунзе — член Туркестанской комиссии ВЦИК и СНК РСФСР. В 1921 году — председатель треста «Главруда» в Москве.
Постепенно одна беда уходила (заканчивалась Гражданская война), но пришла новая (голод в Поволжье). Необходимо было твердой рукой организатора, а таким был Ф, И. Голощекин, найти решение остро стоявшего на местах продовольственного вопроса. Где и как найти резервы и использовать их по назначению, наладить сбор продналога, выполняя решения X съезда РКП(б), провозгласившего в марте 1921 года переход к новой экономической политике. Одной из губерний Центральной России, которая могла помочь в этом, была Костромская. Сюда и направили Филиппа Исаевича.