Итак, новгородцы нарушили договор, создав повод для военных действий. Тем не менее Михаил предложение принял и с большой свитой 8 ноября 1470 года прибыл в Новгород. В числе его сопровождающих был и печально известный ученый книжник Схария, заложивший в Новгороде и в Московском княжестве основы «ереси жидовствующих». Вступление Михаила в Новгород совпало по времени со смертью местного архиепископа, с избранием его преемника и разразившимся спором по поводу того, где новоизбранному архипастырю следует получить благословение: у православного московского митрополита или у киевского униата, лишь недавно принявшего православие. Выбор места возведения в сан нового архиепископа не был простой формальностью, от этого зависела будущая конфессиональная ориентация всей Новгородской епархии: сохранит ли она верность древнерусскому православию (Москва) или пойдет на сближение с католицизмом (Киев). В отличие от бояр и житьих (лучших) людей, относительно терпимо относившихся к возможному сближению с римско-католической церковью ради своих коммерческих интересов, консервативное простонародье, живущее от своих трудов, стремилось к сохранению тесных связей с Москвой. Это было, видимо, первое разделение на «западников» и «славянофилов». Узнав, что один из претендентов на архиепископскую кафедру согласился принять благословение от киевского греко-униатского митрополита Григория, низшие сословия подняли бунт, но вскоре где силой, где уговорами, а где и подкупом были перетянуты на сторону пролитовской партии. На вече большинство новгородцев неожиданно проголосовало за заключение договора с королем Казимиром как с великим князем литовским. А это уже был прямой вызов Москве.
Надежды Михаила Олельковича и его брата Симеона, князя киевского, на усиление своих позиций за счет предполагавшегося союза Киева и Новгорода в противовес Москве, а еще в большей степени – Литве не оправдались. К тому же антилитовские настроения Олельковичей были хорошо известны Казимиру, что косвенно подтвердилось хотя бы тем, что после смерти Симеона король и литовские вельможи не допустили ни его брата, ни его сына на Киевский стол, а назначили туда католика-литовца в качестве наместника.
Итак, литовско-новгородский договор состоялся. Однако, вопреки устоявшемуся мнению, он не только не усугубил зависимое положение Новгорода, а, напротив, расширил его права и свободы. Полномочия Казимира, его нового покровителя, были значительно ограничены даже по сравнению с теми полномочиями, что имели московские князья – предшественники Василия II, не говоря уже о договоре 1456 года. Сверх того, Казимиру категорически запрещалось вмешиваться во внутрицерковные дела, строить римско-католические соборы, назначать своих представителей в Новгороде из числа неправославных христиан. Важнейшим для новгородцев было содержание военной части договора, где Казимир принимал на себя обязательство защищать Новгород от Москвы всеми силами литовской армии. Но Михаила Олельковича, находившегося во время заключения этого договора в Новгороде, не устраивала роль простого подручника литовского князя, и он, обидевшись на новгородцев, 15 марта 1471 года покинул город. На прощанье в отместку подверг ограблению Русу и несколько деревень по пути своего следования.
Договор Господина Великого Новгорода с великим князем литовским позволил Ивану III обвинить новгородцев в нарушении «старины» и предательстве (вот где пригодились статьи договора 1456 г.). В апреле – мае 1471 года он собирает в Москве сначала малый, а потом и большой совет – прототип будущих земских соборов. На совете принимается решение наказать отступников, и уже в июне московские войска, заручившись поддержкой Пскова, Твери и Вятки, при участии татарской кавалерии служилого царевича Даньяра с трех сторон вступают на Новгородскую землю. Один отряд во главе с воеводой Образцом великий князь отправляет воевать Двинскую землю, другой – под началом князя Даниила Холмского – выдвигает к Ильменю, а третий – под предводительством князя Василия Оболенского-Стриги – к реке Мсте. Нужно сказать, что это были жестокие и кровавые рейды, имевшие целью опустошение новгородских пятин, подрыв экономического и политического жизнеустройства республики, устрашение населения. И все это только из-за предполагаемого в будущем церковного отступничества новгородцев. Города и села подвергались огню, а их жители – мечу, невзирая на то, кто попадался под руку: старики, женщины, дети. А пока передовые отряды бесчинствовали по новгородским посадам, сам великий князь с царевичем Даньяром 29 июня подошел к Торжку, где к нему несколько дней спустя присоединились и тверские полки. Псков вступил в кампанию 10 июля.