Следующим шагом к установлению господства московских князей над непокорным городом стала акция (осуществленная, надо полагать, не без участия Москвы) по изменению титулатуры Ивана Васильевича с «господина» на «господаря» Великого Новгорода. Оговорка, на первый взгляд, незначительная, но по содержанию судьбоносная, ибо формулировка «господарь» означала, что носителем государственного суверенитета города-республики становится уже не народное собрание, а князь. Зацепившись за эту провокационную оговорку двух достаточно мелких новгородских чиновников, принятых в Москве на самом высоком уровне, Иван III потребовал от новгородского веча полноты судебной власти, не стесненной посадником и архиепископом. В ответ на прогнозируемый решительный отказ, Москва объявляет войну Новгороду и дает команду выдвинуться в поход готовым к нему московским полкам. 27 ноября 1477 года они окружили Новгород, намереваясь сломить волю его жителей к сопротивлению нехваткой продовольствия. И это им удалось. Еще не восстановившаяся после предыдущего московского набега Новгородская республика, не имевшая ни своих собственных вооруженных сил, ни надежных союзников на стороне, вынуждена была вступить в переговоры, в ходе которых изо дня в день сдавала одну позицию за другой. В итоге к 29 декабря новгородцы приняли условия Ивана III, согласно которым они отказывались от своего суверенитета, упраздняли вече и должность посадника и признавали за московским князем его права на Новгород, аналогичные его правам на Москву.
13 января 1478 года новгородские знатные люди дали клятву на верность Ивану III, уже как своему государю, а 18 января попросили его принять их к себе на службу. С потерей политической самостоятельности Новгород лишился Новоторжской волости, а архиепископ – десяти сельских районов, ранее приписанных к его епархии. Сельское же население оставшихся новгородских волостей было обложено данью по полугривне с сохи в пользу князя. В обозе отъезжающего из Новгорода Ивана III на положении узников шли самые ярые его противники, в том числе и Марфа Борецкая с внуком. Их сопровождали триста телег конфискованного добра и самый ценный приз – вечевой колокол.
Однако не прошло и двух лет, как великому князю вновь пришлось заниматься «развязыванием новгородских узелков». Силы, задействованные на этот раз против Москвы, были более чем внушительными. Во главе всего стоял все тот же Казимир Литовский, заодно с ним выступали хан Золотой Орды Ахмат, лелеявший надежду на восстановление прежних порядков, а также остатки новгородского оппозиционного боярства, в том числе и архиепископ. Как показали дальнейшие события, в заговоре были замешаны и братья Ивана III, возражавшие против чрезмерного, с их точки зрения, усиления роли великого князя. Получив соответствующую информацию, Иван III принял решение нанести молниеносный превентивный удар по наиболее слабому звену зарождающейся коалиции, а именно по мятежному городу. В октябре 1479 года он всего лишь с тысячью своих воинов осадил Новгород, который, с подходом основных московских сил, не имея возможности защищаться, уже в середине января 1480 года вынужден был открыть городские ворота и сдаться на милость победителя. Великий князь обрушил свой гнев на «лучших» людей города: в Чудов монастырь заточил архиепископа Феофила, казнил сто видных бояр, сотни житьих людей и купцов с семьями переселил в Суздаль.
А в это время младшие братья великого князя, морально поддерживаемые Казимиром, решаются на открытое выступление против своего венценосного брата. Собрав вокруг себя «чад и домочадцев», бояр, дружинников, общим числом около двадцати тысяч, они из Углича двинулись через Тверское княжество ко Ржеву, а далее к Новгородской земле, подвергая по пути опустошению населенные пункты. Напуганные жители Московского княжества кто заперся в городах, а кто бросился в бега. Узнав об этом, Иван быстро возвращается в Москву и за короткое время восстанавливает порядок. Андрей Большой и Борис со своими семьями и дружинами, не вступая в открытое столкновение с великокняжескими силами, дошли до литовской границы и остановились в городе Великие Луки, откуда запросили помощи и поддержки у Казимира. Последний обрадовался ссоре московских князей, но, опасаясь открытого военного столкновения с боеспособными полками Ивана III, ограничился лишь передачей «в кормление» семей мятежных князей города Витебска. Такое поведение Казимира и братьев великого князя, конечно же, не может служить прямым доказательством их предварительного сговора, но и не рассеивает подозрений в наличии такового.
Об отношениях внутри московского княжеского дома и его противостоянии с Золотой Ордой речь еще впереди, а пока закончим новгородскую тему.