К экспедиции Ковалевского он был прикомандирован Русским географическим обществом и Академией наук (инструкцию для него составлял академик K.M. Бэр). Вначале A.C. Ценковский сопутствовал Е. П. Ковалевскому, в дальнейшем же отделился от основной части экспедиции, оставшись в Восточном Судане и после того, как Е. П. Ковалевский, И. Бородин и И. Фомин отбыли на родину. В очень тяжелых условиях, крайне стесненный в средствах, почти постоянно страдающий от лихорадки, он проделал ряд самостоятельных маршрутов в бассейне Голубого Нила, Нубии и на юге Кордофана. A.C. Ценковский провел в Африке в общей сложности два года, сделав много ценных естественно-научных (ботанических, зоологических, геологических, климатологических) и этнографических наблюдений. В его кратком, но в высшей степени содержательном отчете о путешествии в Северо-Восточный Судан, опубликованном двумя частями в изданиях РГО в 1850–1851 гг., даны глубокие физико-географические характеристики обследованных им территорий. «Ценковский был одним из первых путешественников, который подошел к изучению Африки как академический ученый, в лучшем значении этого слова».
В 1860 г. Географическое общество впервые награждало медалью за труды, посвященные Африке. Серебряную медаль получил член общества А. И. Макшеев за две статьи — «Очерк современного состояния Алжира» и «Заметки о современном Египте». О цели своего путешествия Макшеев сообщил в «Дневнике русского путешественника по Алжирии». Пробыв «шесть лет на юго-восточной окраине России в то время, когда только что началось непосредственное движение русских в киргизские степи и на Сыр-Дарью, я невольно увлекся вопросом об отношениях России к Азии и вообще Европы к Востоку. Теоретические занятия по этому вопросу нуждались, однако, в расширении массы личных наблюдений, и поэтому я с жадностью воспользовался предоставившейся мне в 1858-м и 1859 гг. возможностью посетить Алжирию, Египет и Сирию. Путешествия эти дали для моих занятий много новых материалов…» Макшеев собрал большой материал о природе, населении и хозяйстве Алжира и Египта.
Рижанин Георг Швейнфурт, известный натуралист-исследователь Африки, с 1868 по 1871 г. занимался изучением природы и населения западного притока Нила — Бахр-эль-Газаля и достиг р. Уэле. За блестящие исследования Центральной Африки Швейнфурт был награжден по ходатайству Географического общества и избран членом-корреспондентом Русского географического общества. В 1872 г. «Известия Русского географического общества» сообщали: «Недавно возвратился на родину в г. Ригу из далекого путешествия молодой естествоиспытатель доктор Швейнфурт, успевший уже составить себе громкое имя в научном мире своими путешествиями и работами, произведенными преимущественно в области естествознания на берегах Аравийского залива и в верховьях Нила».
Швейнфурт посетил «совершенно неизвестные местности Средней Африки, откуда он вывез богатейшие коллекции по всем частям естественной истории и в высшей степени любопытные сведения для географии страны».
В 1881 г. мичман русского военно-морского флота поляк по национальности С. Л. Шольц-Рогозинский (1860–1896) выступил с проектом научной экспедиции в Западную Экваториальнуто Африку. Несмотря на молодость автора проекта, у него за плечами уже имелся опыт кругосветного плавания (на крейсере «Генерал-адмирал» в 1879–1880 гг.), во время которого он побывал на африканских берегах. Ареной будущих своих исследований С. Л. Рогозинский избрал Камерун — страну, которая тогда еще почти целиком оставалась неведомой: знакомство европейцев с ее территорией ограничивалось лишь узкой полосой приморской низменности вместе с возвышающимся над ней вулканическим массивом Камерун, а также крайними северными районами между оз. Чад и р. Бенуэ, которые были в свое время частично затронуты маршрутами исследователей Центрального Судана.
Задуманное С. Л. Рогозинским исследовательское предприятие было взято под покровительство Русским географическим обществом, в распоряжение которого молодого моряка откомандировали сроком на два года (в дальнейшем, в 1882 г., он вообще оставил службу во флоте и свое путешествие в Камерун совершил уже как частное лицо).