В. В. Юнкер совершил два длительных путешествия по Африке — в 1875–1878 гг. и в 1879–1886 гг. Как видно из этих дат, его путешествия приходятся на период непосредственного колониального раздела Африки. Разделу предшествовала длинная эпоха постепенного географического исследования береговой полосы материка и его внутренних районов, начавшаяся еще в XVI в. Исследование внутренних областей Африки, особенно со второй половины XIX в., с одной стороны, имело научное географическое значение (уточнялись различные координаты, решались проблемы истоков и течения крупнейших рек и т. п.), с другой — объективно служило политическим, колонизаторским целям западноевропейских держав. Многие путешественники и исследователи вольно или невольно оказывались разведчиками, а собранные ими сведения использовались затем при колониальном разделе материка.
Определение роли того или иного путешественника по Африке и отнесение его к числу бескорыстных исследователей или же к пионерам колониализма — дело трудное, требующее сопоставления многих разнообразных материалов. Необходимо внимательное отношение ко всем сведениям, на основании которых можно более или менее отчетливо представить, как складывались интересы исследователя, в какой стране и в какой среде прошла его жизнь, предшествовавшая путешествиям, какое образование он получил. Не менее важны и сведения, какими возможностями он обладал, кем и на какие средства были организованы экспедиции, в которых он участвовал.
Юнкер родился в Москве 18 апреля 1840 г. в лютеранской семье и при крещении получил имя отца — Иоганн Вильгельм, но, как принято в России, его называли либо Вильгемом Вильгельмовичем, либо Василием Васильевичем. Его отец, уроженец Геттингена, в 1818 г. приехал в Россию, где, начав с переплетной мастерской, впоследствии основал банкирскую фирму «И. В. Юнкер и К°». Мать, родом из Шварцбурга (Тюрингия), с 17 лет жила в Москве. Ее брак с Иоганном Вильгельмом Юнкером был вторым. В августе 1844 г. отец покинул Россию и уехал с женой и детьми в Геттинген. Там В. Юнкер сначала учился в школе, в затем, после смерти отца в 1847 г., был отдан опекуном в учебно-воспитательное заведение в Висбадене. Позднее мать получила от опекуна разрешение уехать с детьми в Швейцарию, и мальчик поступил в пансион в Лозанне. В 1855 г. было решено вернуться в Россию. В Петербурге В. Юнкер окончил Петропавловскую гимназию. Поскольку его не привлекала перспектива продолжать банкирскую деятельность отца, он в 1860 г. поступил в Дерптский (ныне Тартуский) университет, но ушел из него и продолжил образование в Геттингене. По-видимому, изучая в университете медицину, В. В. Юнкер еще не совсем ясно представлял свой будущий жизненный путь. Во всяком случае, нет никаких сведений, что он собирался посвятить себя профессии практикующего врача. В то же время, как утверждали знавшие его люди, В. В. Юнкер обладал таким характером, который не позволял ему, несмотря на имевшиеся возможности, вести праздную жизнь.
Направление полученного им образования в целом можно назвать естественно-научным. А наиболее яркими событиями того времени, связанными с этим направлением, были исследования отдельных земель, путешествия, маршруты которых пересекали разные области Африки, Азии, Австралии, Южной Америки. Возможно, поэтому В. В. Юнкер сначала намеревался совершить путешествие на Северный полюс, об исследовании которого тогда много писали, особенно в Германии, а в 1869 г. предпринял поездку в Исландию, чтобы заняться орнитологией. Это было не самостоятельное, а скорее учебно-тренировочное путешествие. Если верить его биографу Л. Хевеши, В. Юнкер собирался предпринять второе путешествие на север — на Шпицберген, когда случай изменил его планы: в Берлине он получил приглашение принять участие в сборе римских надписей в Северной Африке для известного историка античности Т. Момзена и с этой целью в июле 1873 г. выехал в Тунис.
Работа в Тунисе в 1873–1874 гг. рассматривалась В. В. Юнкером как подготовка к большому путешествию в Африку. Здесь он серьезно занимался техникой картографирования, изучал арабский язык. Картографическую подготовку он продолжил в 1874–1875 гг. в Берлине, работая у известного географа Г. Киперта. Таким образом, заинтересовавшись географической наукой, В. В. Юнкер начал последовательно и обстоятельно готовить себя к роли путешественника-исследователя в полном соответствии с требованиями своего времени,