В августе 1875 г. В. В. Юнкер наряду с некоторыми русскими географами принял участие в работе Международного географического конгресса в Париже. В результате личных контактов с известными географами-путешественниками по Африке того времени — Г. Швейнфуртом, Г. Нахтигалем, Г. Рольфсом — определилась область его непосредственных географических интересов — районы Внутренней Африки, прилегающие к Египту, прежде всего присоединенный к Египту в 1874 г. Дарфур.
После тщательной подготовки, приобретя необходимое снаряжение в Берлине и усовершенствовав его, в октябре 1875 г. В. В. Юнкер прибыл в Александрию. Сначала по совету Г. Рольфса им была предпринята тридцатидвухдневная поездка с нанятым караваном верблюдов в Ливийскую пустыню. Целью ее было установить, имеются ли к западу от Александрии следы старого устья Нила, и определить точнее уровень понижения почвы, наблюдавшегося в 1869 г. Г. Рольфсом. Это небольшое путешествие, подготавливавшее В. В. Юнкера к дальнейшей работе в Африке, позволило ему категорически отрицать наличие древнего нильского русла. О полученных результатах он сообщил на ежемесячном заседании Каирского географического общества в докладе, имевшем большой успех.
Длительное время в Каире В. В. Юнкер дожидался разрешения египетского правительства на путешествие в Дарфур. Не получив его, он решил отправиться в Хартум. Но из-за египетско-эфиопского конфликта трудно было раздобыть судно для плавания по Красному морю, поэтому ему пришлось из Судана на английском пароходе добраться до портового города Джидйд на Аравийском полуострове, а оттуда на барке переправиться в Судан. Из Суакина можно было за десять дней достигнуть Бербера, а затем по реке — Хартума. Но по совету двух путешественников по Африке — Г. Швейнфурта и Т. фон Хейглина — В. В. Юнкер пошел неизвестным маршрутом — из Токара вдоль высохшего русла р. Бараки до Кассалы. Исследование этой реки, позволившее точнее нанести на карту ее нижнее течение и окружающие горы, — один из вкладов В. В. Юнкера в географическую науку. Из Кассалы он отправился в Хартум не обычным путем, через Бербер или Шенди, поскольку в сухое время года эта местность трудна для перехода, а через Гедарев и Абу-Хараз, «чтобы узнать новые дороги и интересную область рек».
В мае 1876 г. в Хартум прибыл небольшой караван В. В. Юнкера, в котором кроме бедуинов-проводников были двое слуг и нанятый в Каире препаратор (молодой человек по имени Копп, родом из Вюртемберга). Более четырех месяцев провел путешественник в Хартуме в ожидании разрешения на поездку в Дарфур. Это время он использовал для практики в арабском языке, изучения политической обстановки, обычаев, обрядов, торговли, внутренних и внешних дорог и т. п., а также для сбора коллекций. Тогда же он по предложению Р. Джесси, итальянца, находившегося на службе египетского правительства, совершил две пароходные поездки — по Голубому Нилу до Сеннара и по Собату, где первым сделал точную съемку реки до станции Насир.
Поняв, что разрешения на исследования в Дарфуре он не получит, В. В. Юнкер выбрал новое направление — в Ладо, центр Экваториальной провинции Судана, несмотря на то, что условия путешествия по этой провинции значительно усложнились из-за недавно изданного строгого приказа о повышении цен на продовольствие и носильщиков для любого путешественника в этом районе.
22 октября 1876 г. пароход со снаряжением Юнкера отправился из Хартума в Ладо, где Юнкер надеялся получить официальные бумаги для путешествия.
В. В. Юнкер был подданным далекой и, несомненно, неизвестной в Судане страны — России. Поэтому он не мог вызвать беспокойства у французских колониальных и политических деятелей — соперников англичан. Кроме того, по происхождению и по воспитанию он воспринимался скорее как немец, чем русский, хотя и не являлся немецким подданным. Именно этими фактами, а не только личным расположением можно объяснить заботу о нем такого ярого колониального деятеля, каким был Ч. Д. Гордон.
Гордон посоветовал ему начать с области Макарака, поскольку в южных районах происходили волнения среди местного населения. Это предложение полностью совпадало с намерениями самого путешественника.
В ноябре 1876 г. В. В. Юнкер прибыл в Ладо и вскоре вместе с караваном, состоявшим из 1200 человек, отправился в округ Макарака. Это путешествие можно считать началом его серьезной исследовательской деятельности в Центральной Африке. В результате путешествий по округу Макарака В. В. Юнкер собрал коллекции у народов авукайя, иьянгбара, ануак, бака, макарака, бомбе. Он сделал интересные этнографические записи, относящиеся к этим и другим народам округа, определил по возможности границы их расселения, отмечая «чрезвычайную чересполосицу племен различных народностей».
В дальнейшем путешественник намеревался добраться до южной части Экваториальной провинции, области Келико.