В 1551 году Стоглавый Собор среди множества сторон религиозной жизни уделил внимание и церковному пению. В его постановлении нет отдельного раздела, касающегося проблем певческого искусства. О церковном пении упомянуто несколько раз и по различным поводам. Например, в главе 36 «О училищех книжных по всем градом» священникам и диаконам рекомендовано учить детей церковному пению наряду с грамотой и книжным письмом.
В начальной школе XVI века существовали так называемые училища, представлявшие собой небольшие группы детей, занимавшихся на дому у духовных лиц. Детей обучали чтению, письму, церковному пению, молитвам, знакомили с содержанием книг «Священного писания», с правилами религиозной обрядности. В этих училищах, по предписанию Стоглава, могли учиться не только те дети, которым предстояло стать церковнослужителями, но и дети бояр, дворян, торговых и посадских людей. Те, кто прошел курс обучения, участвовали в церковном хоре, знали певческий репертуар, умели читать по крюкам.
Царь обратился к «святейшим отцам» Собора рассмотреть вопрос о «многогласии», о сокращении времени Богослужения. Он обращал внимание на то, что «попы же по своим церквам поют бесчинно вдвое и втрое». Соборный совет указывал на то, чтобы Богослужение в церкви совершалось строго «по священным правилам и по церковному уставу и сполна чинно и немятежно» (Макарьевский Стоглавник, 1912).
Но постановления Стоглавого Собора не были полностью исполнены в силу их неконкретности и недостаточности средств для их осуществления. Стоглав поставил перед собой задачу укрепить «поисшатавшиеся» религиозные и житейские устои. Иван Васильевич, обращаясь к Собору, призывал «поутвердити древнего предания», «исправити истинную и непорочную нашу христианскую веру, иже от Божественного писания» (Сперанский, 1921). Значение Стоглавого Собора заключалось в том, чтобы обозначить назревшие проблемы и привлечь к ним как можно больше внимания. Поиски реальных методов продолжались не только во второй половине XVI века, но и большей части XVII столетия.
Одной из задач Стоглава являлся контроль за тем, чтобы служба не проходила по неисправленным книгам. Работа в этом направлении сводилась не только к ликвидации ошибок, но и к выяснению того, какие же варианты в текстах песнопений «истинны» и каноничны. Авторитетных ответов на многие вопросы не существовало, священнослужители на свой страх и риск правили книги самостоятельно, без единого общего плана, что приводило к ещё большему разночтению в церковном пении. Во второй половине ХVI века пытались исправить певческие тексты «на речь». Протопоп Аввакум свидетельствовал о виденных им «наречных» книгах, которые были написаны при Иване Грозном и Фёдоре Иоанновиче.
Для развития школьного образования в XVI веке нужны были специальные учебники. В начальных училищах существовали написанные от руки азбуки, очень похожие на те, по которым изучалось знаменное письмо. Содержание их было кратким и занимало в певческих рукописях лишь несколько страниц. Такого рода пособия существовали в конце XV века. В них перечислялись знамена без пояснений, и они служили скорее справочниками по крюковому письму. В XVI веке появились десятки азбук, где перечислялись певческие знаки, иногда с комментариями: «како поётся». Подобные толкования основывались на практическом опыте и сложившейся традиции, а иногда значение знамени сопровождалось ссылкой на «обычай».
Как в области религиозной живописи или книжной графики, так и в церковном пении появлялись выдающиеся мастера, работы которых считались образцовыми и служили примерами для подражания. У этих мастеров были ученики и последователи, появлялись соответствующие школы. У каждой из них были свои варианты напевов и особая манера их воспроизведения. Известна целая «родословная» знаменитых русских композиторов ХVI и начала ХVII века, старейшими среди которых были выходцы из Новгорода братья Роговы – Василий (в иночестве Варлаам) и Савва.
Об этих мастерах очень мало известно, но есть всё же некоторые сведения: Василий Рогов преуспел в духовной карьере, прожил долгую жизнь и в преклонном возрасте занимал пост митрополита Ростовского.
Появились сведения о личности Ивана (Исайи) Лукошко. Исследователь С.Г. Зверева обнаружила, что в Синодальном певческом собрании Государственного института музыки хранится Октоих со вкладной надписью, свидетельствующей о том, что книга была вложена в 1615 году архимандритом Рождественского монастыря во Владимире Исайей Лукошковым в Благовещенский храм у Сольвычегодска. В молодости он учился у Стефана Голыша в «Усольской стране» и этим вкладом выразил своё почтение и благодарность родному храму.
Нужно полагать, что и другие мастера церковного пения занимали высокое общественное положение и были в своё время известными личностями, среди которых приближённые Ивана Грозного Иван Нос и Федор Крестьянин. Имена Федора Крестьянина и Стефана Голыша связаны с появлением двух школ русского церковного пения, сохранявших главенствующее значение до второй половины XVII века.