Похороны русских моряков прошли весьма торжественно, с участием японских священнослужителей. Журнал «Морской сборник» отмечал: «Желая почтить память своего товарища и по возможности выразить свое полное сочувствие к несчастной судьбе его, гг. офицеры и гардемарины всей эскадры сделали подписку и поручили одному из консулов поставить памятник на могиле Р. С. Мофета и матроса Соколова, похороненных в присутствии гг. офицеров и команд с двух наших судов, немедленно присланных из Иедо». Так в Йокогаме появился православный крест. Русская могила стала первой на Иностранном кладбище.
24 августа 1859 г. Муравьев-Амурский пересел на пароходо-корвет «Америка» и ушел в Хакодате. Капитану 1-го ранга Унковскому на фрегате «Аскольд» было поручено оставаться на рейде Токио до 15 сентября и проконтролировать ход расследования. На борт фрегата сразу прибыли высшие сановники и в присутствии всего экипажа попросили извинения за трагический случай, сообщив, что губернаторы Иокогамы Мицио-Тсикокгоно-Ками и Като-Икино-Ками лишились должности.
Крайний срок поимки преступников Унковский назначил на 12 сентября. Начиная расследование, Попов в сопровождении японского чиновника, присланного из Токио, отправился на корвете «Новик» в Канагаву. Осмотрев место преступления, Попов предложил губернатору закрыть все лавки, но тот ответил, что не имеет права этого делать без приказа из Токио да и не хочет лишать народ последних средств к существованию. На просьбу отобрать у японцев оружие он также не согласился, так как наличие меча является для самурая обязательным и является его отличительной особенностью. Все, что мог сделать губернатор, это дать согласие на ношение оружия русскими во время их съезда на берег.
Несмотря на энергичные розыски, установить личности убийц не удалось. Японские власти предложили казнить полицейского чиновника, который дежурил в это время в Йокогаме, но Унковский, конечно же, отверг эту идею. Задерживаться в Японии дольше русские корабли уже не могли. Перед тем как 17 (29) сентября 1859 г. сняться на фрегате «Аскольд» в Кронштадт, Унковский обязал правительство Японии найти преступников и казнить их.
Этот трагический случай вызвал много противоречивых откликов. Английский консул обвинил во всем губернатора, не сумевшего организовать быстрое расследование, но американский консул, напротив, считал, что губернатор сделал все возможное, чтобы обнаружить преступников. Иностранная пресса обвинила во всем японские радикальные крути, заинтересованные в нагнетании политической обстановки.
17 ноября 1859 г. газета «Таймс» писала: «Вчера один пьяный японский офицер размахивал шпагою (с толстой рукояткой и лезвием наподобие бритвы), заявляя, что он желал бы срубить голову русскому. И что же сделали? Он был очевидно опасен, и его оттащили в сторону на почтительное расстояние длинным шестом с крюком и обезоружили, но только для того, чтобы он отправился домой». Еще одно свидетельство того, что отношение к иностранцам в Японии было далеко не всегда дружественным.
Стоянка в Нагасаки
Адмирал Е. В. Путятин неоднократно просил власти Нагасаки выделить морякам постоянное место для размещения русского лагеря. Японцы отнекивались или предлагали неудобные места, весьма отдаленные от города, например в Умегасаки (Umegasaki), у мыса при входе в залив Нагасаки, где в свое время жил Николай Резанов. В январе 1854 г., покидая Нагасаки, Путятин вернулся к этому вопросу. И. А. Гончаров писал по этому поводу: «Вчера предупредили японцев, что нам должно быть отведено хорошее место, но ни одно из тех, которые они показывали прежде. Они были готовы к этому объяснению. Хагивари сейчас же вынул и план из-за пазухи и указал, где будет отведено место: подле города где-то. «Там есть кумирня, — прибавил он, — бонзы на время выберутся оттуда». Кроме того, есть дом или два, откуда тоже выгоняют каких-то чиновников. Завтра К. Н. Посьет, по приказанию адмирала, едет осмотреть. Губернаторы, кажется, все силы употребляют угодить нам или, по крайней мере, показывают вид, что угождают. Совсем противное тому, что было три месяца назад! Впечатление, произведенное в Едо нашим прибытием, назначение оттуда, для переговоров с нами, высших сановников и, наконец, вероятно, данные губернаторам инструкции, как обходиться с нами, — все это много сбавило спеси у их превосходительств».