После команды на берег перебрались офицеры. Власти предложили командиру русского корабля снять для офицеров помещения в городе. До этого никто из иностранных командиров не получал такого предложения, но русские офицеры не захотели жить в стороне от команды: такое разделение могло дурно подействовать на матросов. В храме сразу же организовали госпиталь, в котором разместили 26 самых тяжелых больных. Отдых и лечение позволили остановить распространение болезней и спасти тех, чье заболевание не зашло слишком далеко. Благодаря заботам доктора Помпе и корабельного врача, а также улучшению условий жизни, здоровье моряков стало восстанавливаться. Поднялись на ноги даже те, кого уже совсем собирались отпевать. В отчете корабельного врача есть строки о том, что в противном случае эпидемии грозили уничтожить весь экипаж, и корабль мог бы вовсе не вернуться в Россию.
Надежды Унковского и его офицеров на помощь городского начальства полностью оправдались. Как и в Хакодате, власти Нагасаки с уважением относились к морским офицерам, отдавая им явное предпочтение перед иностранными предпринимателями. Они удивлялись, что среди русских, прибывших в Нагасаки, совсем нет коммерсантов. Губернатор Нагасаки всячески поддерживал русских моряков, принимая командира по первой его просьбе. Во многом это было связано и с огромным авторитетом у японцев адмирала Путятина. Как писали современники, «благоразумными распоряжениями, справедливыми требованиями и приветливым, скромным, но вместе с тем твердым и настойчивым своим обращением граф приобрел доверенность и расположение японцев; все его подчиненные старались подражать ему в этом по мере возможности». Простой народ Нагасаки долго еще распевал шуточную песенку о Путятине под названием «Бура-бура-бус и» (Песня о Колобке). Он заходил в Нагасаки трижды за короткий период 1853–1854 гг., когда японцы почти не знали иностранцев, и все они вызывали огромное любопытство у местного населения.
К храму Госиндзи вверх по горе вела широкая каменная лестница. На верхней ступени был установлен длинный флагшток, на котором развевался русский флаг, хорошо видимый с ближайшего рейда. Около него стоял часовой с ружьем. За воротами находился домик для полицейского и переводчика, нужда в котором возникала постоянно. Полицейскому поручалось следить за русскими и не допускать недоразумений при общении их с японцами. Очень быстро он подружился с моряками и превратился в чиновника особых поручений при капитане.
Так в Нагасаки появилось первое русское поселение. У японцев были определенные опасения, что 400 хорошо вооруженных людей могут вызвать беспокойство у ряда горожан. Чтобы рассеять сомнения, через неделю после переезда офицеры решили устроить торжественный ужин, пригласив на него городские власти и голландцев. Готовились к приему тщательно, даже задумали осветить по-особому храм и произвести фейерверк. Правда, возникло затруднение с приглашением губернатора, который не имел права покидать свою резиденцию после захода солнца, но по этому случаю решили нарушить традицию.
«Итак, два японских губернатора и двадцать старших чиновников города, — писал К. Ф. Литке, — обедали по-европейски у русского капитана. При провозглашении тоста за здравие Русского и Японского императоров были произведены салюты из горных единорогов, стоявших на малом дворе. Обед продолжался долго; гости были веселы и разошлись поздно вечером, забывши, по крайней мере, наружно, и привычки, и старые обычаи свои; бенгальские огни сопровождали их до самой пристани».
Стоянка «Аскольда» в Нагасаки во многом изменила отношение горожан к иностранцам. Начав уступать русским, они были вынуждены сделать это и для других, тем самым предоставив иностранцам большую свободу, чем раньше. Разумеется, не все было безоблачно, особенно в первые дни. Некоторые члены команды, беря пример с моряков иностранных судов, «воображали, что на берегу они не обязаны подвергаться такой дисциплине и сохранять такой порядок в своем поведении, как на судне. В первое время жизни на берегу наша команда также начала было бесчинствовать и обижать японцев, но некоторые немедленно принятые сильные меры тотчас же положили конец попыткам самоуправства и восстановили порядок». К наказаниям относились карцер, внеочередная вахта или полное запрещение выходить на берег. Зачинщиков первых международных скандалов отправили в бессменный караул на фрегат, что послужило хорошим уроком для остальных. Благоприятное впечатление на матросов производило поведение офицеров, всячески старавшихся установить хорошие отношения с японцами.