Как и в Хакодате, власти Нагасаки на первых порах стремились отделить русских от местного населения. Их вполне устраивал принцип голландской Десимы, в основе которого лежала не только изолированность чужеземцев, но и полный контроль над их жизнедеятельностью. Русским морякам предложили остановиться на западном побережье бухты в буддистском храме Госиндзи (Goshinji Temple). Он находился на горе Инаса (Inasa) в местечке Уракамифути (Urakamifuchi). Размещение моряков в храме полностью соответствовало идее контроля за иностранцами: японские монахи могли ежедневно докладывать о внутренних порядках чужестранцев и всех их перемещениях. В этот период вокруг храма располагалась деревня семейства Сига (Shiga), глава которой в течение нескольких поколений был старостой местности. Ему же принадлежал и причал.
Вскоре японские чиновники приехали на борт «Паллады», поблагодарили за подарки и, показав план Инасы, предложили русским осмотреть участок. Туда в сопровождении японцев отправились К. Н. Посьет, В. А. Римский-Корсаков, И. В. Фурутельм и К. И. Лосев. После тщательного осмотра они согласились разбить лагерь в Инасе и запросили у японских властей разрешение поставить «Палладу» поближе к этому месту, но японцы, как обычно, от ответа воздержались: его надо было согласовать с начальством. Когда официальное разрешение наконец пришло, то моряки раздумали занимать предложенное место: далеко…
Конечно, адмирал Путятин не знал историю этого храма, возникшего как противодействие христианству. Деятельность первых христианских миссионеров-европейцев, которых японцы называли nanbanjin (южные варвары), началась в Нагасаки в последней четверти XVI века (1570–1592). Последователи нового религиозного течения были настроены агрессивно по отношению к традиционным верованиям японцев: началось разрушение храмов и культовых зданий, нередко случались нападения на священников-синтоистов или буддистов. Узнав об этом, в 1596 г. в Нагасаки из Чикуго (совр. префектура Фукуока) пришел настоятель храма Дзен-доджи (Zendoji) Генко-Ошо (Genko-Osho, 1552–1626). Священник-аскет хотел положить конец произволу и восстановить буддистские ценности. Поднявшись по буддистской традиции на гору Инаса, он решил основать на ней храм. В это же время в Нагасаки прибыли буддисты из Китая, которые стали верными последователями Генко-Ошо: Оёкау (Oyokau) из района Шошу (Shoshu), Чокитсусен (Chokitsusen) и Госоген (Gosogen) из Нанкина. Совместными усилиями при помощи старосты деревни Ямазато (Yamazato) Итсутоку (Itsutoku) они построили в 1598 г. храм Госиндзи, что означает «Храм доброго разумения». Его первыми прихожанами стали китайцы. По этой причине сначала у храма появилось китайское кладбище, затем к нему добавились португальские и голландские могилы.
Русские вновь посетили Нагасаки в апреле 1855 г., но и на этот раз не воспользовались территорией храма Госиндзи. Тем не менее они согласились устроить там со временем свою базу. Удаленность от города, которую раньше моряки считали недостатком, теперь показалась им достоинством: можно было обустроить свою жизнь так, как им хотелось, подальше от чужих глаз. Да и дисциплину среди членов экипажа было легче поддерживать в отдалении от городских соблазнов. Важным было и то, что имелась возможность уйти от конфликтов с японцами, резко настроенными против иностранцев, — таких наблюдалось еще немало. Русские моряки привыкли к тому, что на Яве и в Сингапуре уже за несколько миль до гавани их встречали на лодках местные жители, предлагая фрукты, раковины, обезьян, попугаев или перевоз на берег. В Нагасаки же, особенно в первые годы русских визитов, ожидать подобного было нельзя: европейцев боялись как огня. Лишь со временем положение стало меняться в лучшую сторону, настороженность и подозрительность японцев по отношению к русским начали постепенно уступать место дружелюбию.
Обживать Инасу русские моряки начали лишь в 1858 г., с приходом в Нагасаки фрегата «Аскольд», посланного в распоряжение Путятина. Командовал им бывший капитан «Паллады» Иван Семенович Унковский. За время перехода с берегов Балтики в Японию на корабле умерли несколько человек, а к моменту захода в порт ситуация и вовсе стала критической. Половина экипажа страдала от малярии, болотной лихорадки или дизентерии. Проводить корабельные работы, в которых очень нуждался фрегат, в таких условиях почти не было возможности.