Только осенью 1666 года приехали в Москву патриархи: александрийский, Паисий, и антиохийский, Макарий (константинопольский и иерусалимский сами не приехали, но прислали свое согласие на приезд двух первых и на суд Никона). В ноябре 1666 года начался Собор, на который был вызван и Никон. Он держал себя как обиженный, но признал Собор правильным; оправдывался он гордо и заносчиво, но повиновался Собору. Обвинял его сам царь, со слезами перечисляя «обиды» Никона. В декабре постановили приговор Никону, сняли с него знаки патриаршества и отправили его в ссылку в Ферапонтов Белозерский монастырь. Так окончилось дело патриарха Никона.
Не спокойно выслушал Никон свой приговор: он стал жестоко бранить греческое духовенство, называя греков бродягами. «Ходите всюду за милостынею», – говорил он им и с ирониею советовал поделить им между собою золото и жемчуг с его патриаршего клобука и панагии. Ирония Никона многим тогда была близка и понятна. Греки действительно «всюду ходили за милостынею»; потрудившись над осуждением Никона в угоду могущественнейшему монарху и радуясь совершению правосудия, не забывали они при этом высказывать надежду, что и теперь не оскудеет к ним милость царская. В видах этой милости они и до Собора, и на Соборе 1666 года старались возвеличить царскую власть и утвердить ее авторитет даже в делах церкви, ставя в вину Никону его стремление к самостоятельности в сфере церковной. Никон, заносчивый, непоследовательный и много погрешивший, симпатичнее для нас в своем падении, чем греки с своими заботами о царской милости.
Собор единогласно осудил Никона, но когда стали формулировать приговор над ним, то произошло на Соборе крупное разногласие по вопросу об отношениях властей, светской и духовной. В приговоре, редактированном греками, слишком явно и резко проводились тенденции в пользу первой: греки ставили светскую власть авторитетом в делах церкви и веры, и против этого восстали некоторые русские иерархи (как раз бывшие враги Никона), за что они и подверглись церковному наказанию. Таким образом, вопрос об отношении властей принципиально был поднят на Соборе 1666–1667 годов и был решен Собором в пользу светской власти.
Этот вопрос необходимо должен был возбудиться на этом Соборе: он был весьма существенным в деле Никона и проглядывал гораздо раньше Собора 1666 года. Никон боролся и пал не только из-за личной ссоры, но и из-за принципа, который он проводил. Во всех речах и посланиях Никона прямо сказывается этот принцип, и его чувствовал сам царь Алексей Михайлович, когда (в 1662 году в вопросах Стрешнева Лигариду и в 1664 году в вопросах патриархам) ставил вопросы о пространстве власти царской и архипастырской. Никон крепко отстаивал то положение, что церковное положение должно быть свободно от всякого вмешательства светской власти, а церковная власть должна иметь влияние в политических делах. Это воззрение рождалось в Никоне из высокого представления о церкви как руководительнице высших интересов общества; представители церкви, по мысли Никона, тем самым должны стоять выше прочих властей. Но такие взгляды ставили Никона в полный разлад с действительностью; в его время, как он думал, государство возобладало над церковью, и необходимо было возвратить церкви ее должное положение – к этому и шла его деятельность. По этому самому распря Никона с царем не была только личною ссорою друзей, но вышла за ее пределы; в этой распре царь и патриарх являлись представителями двух противоположных начал. Никон потому и пал, что историческое значение нашей жизни не давало места его мечтам, и осуществлял он их, будучи патриархом, лишь постольку, поскольку ему это позволяло расположение царя. В нашей истории церковь никогда не подавляла и не становилась выше государства, и представители ее и сам митрополит Филипп Колычев (которого так чтил Никон) пользовались только нравственной силой. А теперь, в 1666-1667 годах, Собор православных иерархов сознательно поставил государство выше церкви.
Культурная реформа при Алексее Михайловиче