Не так, однако, думал сам Никон. Он иначе не представлял себе патриаршей власти, как в тех размерах, в каких ему удавалось ее осуществлять. По его понятию, власть патриарха чрезвычайно высока, она даже выше верховной власти светской. Никон требовал полного невмешательства светской власти в духовные дела и вместе с тем оставлял за патриархом право на широкое участие и влияние в политических делах, в сфере же церковного управления Никон считал себя единым и полновластным владыкой. С подчиненным ему духовенством обращался сурово, держал себя гордо и недоступно, – словом, был настоящим деспотом в управлении клиром и паствой. Он был очень скор на тяжкие наказания, легко произносил проклятия на провинившихся и вообще не останавливался перед крутыми мерами. По энергии характера и по стремлению к власти Никона охотно сравнивают с Папою Григорием VII Гильдебрантом. Однако во время своего управления церковью Никон не истребил тех злоупотреблений и тягостей, которые легли на духовенство при его предшественнике Иосифе и вызывали жалобы. В 1658 году порядки, удержанные и вновь заведенные Никоном, вызвали любопытное челобитье царю на патриарха. Хотя оно было подано противниками новшеств, однако касается не только реформ Никона, но и его административных привычек и очень обстоятельно рисует Никона как администратора с несимпатичной стороны. По этому челобитью видно, что против него и в среде духовенства был большой ропот. Про Никона надо вообще заметить, что его любили отдельные лица, но личность его не возбуждала общей симпатии, хотя нравственная его мощь покоряла ему толпу.
До польской войны 1654 года симпатии юноши царя к Никону не колебались. Уезжая на войну, Алексей Михайлович отдал на попечение Никона и семью, и государство. Влияние Никона, казалось, все росло и росло, хотя царю были известны многие выходки Никона и то, как Никон отзывался о царской помощи, что она ему не надобна, и то, что Никон не жаловал Уложения, называя его проклятою книгою, исполненною беззаконий. Но во время войны царь возмужал, много увидел нового, развился и приобрел большую самостоятельность. Этому способствовали самые обстоятельства военной жизни, имевшей влияние на впечатлительную натуру царя, и то, что Алексей Михайлович в походах освободился от московских влияний и однообразной житейской обстановки в Москве; но, изменяясь сам, царь еще не изменял своих прежних отношений к старым друзьям. Он был очень хорош с Никоном, по-прежнему называл его своим другом. Однако между ними стали происходить размолвки. Одна такая размолвка случилась на Страстной неделе в 1656 году по поводу церковного вопроса (о порядке Богоявленского водоосвящения). Уличая Никона в том, что он слукавил, царь очень рассердился и в споре назвал Никона мужиком и глупым человеком. Но дружба их все еще продолжалась до июля 1658 года, до всем известного столкновения Хитрово с князем Мещерским на приеме грузинского царевича Теймураза. В июле 1658 года последовал внезапный разрыв.
В объяснении причины разрыва Никона с Алексеем Михайловичем исследователи несколько расходятся благодаря неполноте фактических данных об этом событии. Одни (Соловьев, митрополит Макарий) объясняют разрыв возмущением царя, с одной стороны, и резкостями в поведении Никона – с другой; у них дело представляется так, что охлаждение между царем и патриархом происходило постепенно и само по себе, незаметно привело к разрыву. Другие (Субботин, Гюббенет и покойный профессор Дерптского университета П.Е. Медовиков, написавший «Историческое значение царствования Алексея Михайловича») полагают, что к разрыву привели наветы и козни бояр, которым они склонны придавать в деле Никона очень существенное значение. Надо заметить, что С.М. Соловьев также не отрицает участия бояр в этом деле, но их интриги и «шептания», как фактор второстепенный, стоят у него на втором плане.