Когда царь не дал должной, по мнению Никона, расправы на Хитрово, обидевшего патриаршего боярина при въезде Теймураза, и перестал посещать патриаршее служение, Никон уехал в свой Воскресенский монастырь, отказавшись от патриаршества на Москве и не дождавшись объяснения с царем. Через несколько дней царь послал Трубецкого и Лопухина спросить у патриарха, как понимать его поведение: совсем ли он отказался от патриаршества или нет? Никон отвечал царю очень сдержанно, что он не считает себя патриархом на Москве, и дал свое благословение на выборы нового патриарха и на передачу патриарших дел во временное заведование Питирима, митрополита крутицкого. Никон затем просил прощения у Алексея Михайловича за свое удаление, и царь простил его. Поселясь в Воскресенском монастыре (от Москвы верстах в сорока на северо-запад), принадлежавшем Никону лично, он занялся хозяйством и постройками и просил Алексея Михайловича не оставлять его обители государевой милостыней. Царь, со своей стороны, милостиво обращался с Никоном, и отношения между ними не походили на ссору. Царю доносили, что Никон решительно не хотел быть в патриархах, и царь заботился об избрании нового патриарха на место Никона. В избрании патриарха тогда и заключался весь вопрос; дело обещало уладиться мирно; но скоро начались неудовольствия. Никон узнал, что светские люди разбирают патриаршие бумаги, оставленные в Москве, обиделся на это и написал по этому поводу государю письмо с массою упреков, жалуясь и на то, между прочим, что из Москвы к Никону никому не позволяют ездить. Затем он стал жаловаться, что его не считают патриархом, и очень рассердился на митрополита Питирима за то, что тот решился заменить собою патриарха в известной церемонии шествия на осляти (весною 1659 года). По этому поводу Никон заявил, что он не желает оставаться патриархом на Москве, но опять не сложил с себя патриаршего сана. Выходило так, что Никон, не будучи патриархом московским, был все же патриархом русской церкви и считал себя вправе вмешиваться в церковные дела; если бы на Москве избрали нового патриарха, то в русской церкви настало бы двупатриаршество. В Москве не знали, что делать, и не решались избирать нового пастыря.
Летом 1659 года Никон неожиданно приехал в Москву, недолго там пробыл, был принят царем с большою честью, но объяснений и примирения между ними не произошло, отношения оставались неопределенными, и дело не распутывалось. Осенью того же 1659 года Никон с позволения царя поехал навестить два других своих монастыря: Иверский (на Валдайском озере) и Крестный (близ Онеги). Только теперь, в долгое отсутствие Никона, решился царь собрать Духовный собор, чтобы обдумать положение дел и решить, что делать. В феврале 1660 года начало свои заседания русское духовенство и по рассмотрении дел определило, что Никон должен быть лишен патриаршества и священства по правилам святых апостолов и Соборов, как пастырь, своею волею оставивший паству. Царь, не вполне доверяя правильности приговора, пригласил на Собор и греческих иерархов, бывших тогда в Москве. Греки подтвердили правильность соборного приговора и нашли ему новые оправдания в церковных правилах. Но ученый киевлянин Епифаний Славеницкий не согласился с приговором Собора и подал царю особое мнение, уличая церковь в неверном толковании церковных правил и доказывая, что у Никона нельзя отнять священства, хотя и должно лишить его патриаршества. Авторитет греков был, таким образом, поколеблен в глазах царя, и он медлил приводить в исполнение соборный приговор, тем более что многие члены Собора (греки) склонны были оказать Никону снисхождение и просили об этом государя. Итак, попытка распутать дело с помощью Собора не удалась, и Москва оставалась без патриарха.
Никон же продолжал считать себя патриархом и высказывал, что в Москве новый патриарх должен быть поставлен им самим. Он возвратился в Воскресенский монастырь, узнал, конечно, о приговоре Собора, о своем низложении и понял, что теперь ему не легко возвратить утраченную власть. Удаляясь из Москвы, он рассчитывал, что его будут умолять о возвращении на патриарший престол, но этого не случилось, а Собор 1660 года показал ему окончательно, что в Москве его просить не будут. Что влияние Никона пало совсем, это увидели и другие: сосед Никона по земле, окольничий Боборыкин, вступил с ним в тяжбу, не уступая куска земли когда-то всесильному патриарху. Недовольный тем, что Боборыкину дали суд на патриарха, Никон пишет царю письмо, полное укоризн и тяжелых обвинений. В то же время он не ладит с Питиримом, мало обращавшим внимания на бывшего патриарха, и даже предает его анафеме. Вообще Никон, не ожидавший невыгодного для себя оборота дела, теряет самообладание и слишком волнуется от тех неприятностей и уколов, какие постигают его, как всякого павшего видного деятеля. Но до 1662 года против Никона не предпринимают ничего решительного, хотя резкие выходки его все больше и больше вооружают против него прежнего друга, царя Алексея.