В 1662 году приехал в Москву отставленный от своей должности газский митрополит Паисий Лигарид, очень образованный грек, много скитавшийся по Востоку и приехавший в Москву с целью лучше себя обеспечить. В XVII веке греческое духовенство очень охотно посещало Москву с подобными намерениями. Ловкий дипломат Паисий скоро успел приобрести в Москве друзей и влияние. Всмотревшись в отношения царя и патриарха, он без труда заметил, что звезда Никона уже померкла, и понял, на чью сторону ему должно стать, – он стал против Никона, хотя сам приехал в Москву по его милостивому и любезному письму. Сперва по приезде своем вступил он в переписку с Никоном, обещал ему награду на небесах за его «неповинные страдания», но уговаривал вместе с тем Никона смириться перед царем. Но уже с первых дней он советовал царю не медлить с патриархом, требовать от него покорности и низложить его, если не покорится и не «воздержится от дел патриарших». Как ученейшему человеку, Лигариду предложили в Москве от имени боярина Стрешнева (врага Никона) до тридцати вопросов о поведении Никона, с тем чтобы Паисий решил, правильно ли поступил патриарх. И Лигарид все вопросы решил не в пользу Никона. Узнав его ответы, Никон около года трудился над возражениями и написал в ответ Лигариду целую книгу страстных и очень метких оправданий.
Очевидно, под влиянием Лигарида, царь Алексей Михайлович в конце 1662 года решил созвать второй Собор о Никоне. Он велел архиепископу рязанскому Иллариону составить для Собора как бы обвинительный акт, «всякие вины» Никона собрать и приказал звать на Собор восточных патриархов.
Никон, подавленный отношением царя к нему, и раньше искал мира, посылая к царю письма и прося его перемениться к нему «Господа ради», теперь же он решил тайком приехать в Москву и приехал ночью (на Рождество 1662 года), чтобы примириться с государем и предотвратить Собор, но тою же ночью уехал обратно, извещенный, вероятно, своими московскими друзьями, что его попытка будет напрасною. Видя, что примирение невозможно, Никон снова переменил поведение. Летом 1663 года он произнес на упомянутого Боборыкина (дело с которым у него продолжалось) такую двусмысленную анафему, что Боборыкин мог ее применить к самому царю с царским семейством, что он и сделал, не преминув донести в Москву. Царь чрезвычайно огорчился этим событием и тем, что на следствии по этому делу Никон вел себя очень заносчиво и наговорил много непристойных речей на царя. Об этом, впрочем, постарались сами следователи, выводя патриарха из себя своими вопросами и своим недоверием к нему. Если царь Алексей Михайлович сохранил еще какое-нибудь расположение к Никону, то после этого случая оно должно было исчезнуть вовсе.
Восточные патриархи, приглашение которым было послано в декабре 1662 года, прислали свои ответы только в мае 1664 года. Сами не поехали в Москву, но очень обстоятельно ответили царю на те вопросы, какие царь послал им о деле Никона одновременно со своим приглашением. Они осудили поведение Никона и признали, что патриарха может судить и Поместный (русский) собор, почему присутствие их в Москве представлялось им излишним. Но царь Алексей Михайлович непременно желал, чтобы в Москву приехали сами патриархи, и отправил им вторичное приглашение. Очень понятно это желание царя разобрать дело Никона с помощью высших авторитетов церкви: он хотел, чтобы в будущем уже не оставалось места сомнениям и не было возможности для Никона протестовать против Собора.
Но Никон не желал Собора, понимая, что Собор обратится на него. Он показывал вид, что Собор для него не страшен, но в то же время сделал открыто и гласно первый шаг к примирению, чтобы этим уничтожить надобность Собора: он решился с помощью и, может быть, по мысли некоторых своих друзей (боярина Н.И. Зюзина) приехать в Москву патриархом, – так, как когда-то уехал из нее. Ночью на 1 декабря 1664 года он неожиданно явился на утреню в Успенский собор, принял участие в богослужении как патриарх и послал известить государя о своем приходе, говоря: «Сшел я с престола никем не гоним, теперь пришел на престол никем не званный». Однако государь, посоветовавшись с духовенством и боярами, собранными тотчас же во дворец, не пошел к Никону и приказал ему уехать из Москвы. Еще до рассвета уехал Никон, отрясая прах от ног своих, понимая окончательное свое падение. Дело о приезде его было расследовано, и Зюзин поплатился ссылкою. Никону приходилось ожидать патриаршего суда над собою. В 1665 году он тайком отправил патриархам послание, оправдывая в нем свое поведение, чтобы патриархи могли правильнее судить о его деле; но это послание было перехвачено и на суде служило вескою уликою против Никона, потому что было резко написано.