Необходимо отметить, что Короленко ощущал себя писателем «только наполовину», публицистика в его творческом наследии занимает большое место. Его активная гражданская позиция получила воплощение в очерках и статьях. Он не только открыто обвиняет и обличает в печати, но и организует общественные акции, направленные на помощь голодающим (сбор пожертвований), открывает бесплатные столовые для крестьян, создаёт общественное мнение по поводу принципиальных социальных вопросов.
Высокой гуманитарной миссией можно назвать его деятельность в различных судебных разбирательствах. Он спасает от каторги удмуртов-крестьян из села Старый Мултан, ложно обвинённых в человеческом жертвоприношении языческим богам. Внимательно изучив материалы следствия, Короленко обнаружил подлога и нарушения
В Петербурге Короленко много времени и сил отдаёт редакторской работе в журнале «Русское богатством. В 1900 г. Российская Академия наук избирает его почётным академиком по разряду изящной словесности. В 1902 г. вместе с Чеховым и математиком А. А. Марковым он в знак протеста против отмены избрания М. Горького в Академию сложил с себя звание почётного академика. В глазах писателя звание академика утратило своё значение. Когда в 1917 г. Академия наук пожелала вернуть звание писателю, он вежливо отказался.
На рубеже веков творческая деятельность писателя многообразна как по содержанию, так и по жанрам. Отражая социальную тему, прозаик погружается в историческое и революционное прошлое страны, в частности, обращается к изображению крестьянских мятежей и бунтов. Очерк «Божий городок
» (1894), рассказ «Художник Алымов» (1896) художественно воссоздают отдельные эпизоды народных восстаний под предводительством Разина и Пугачёва. Короленко в этот период собирал материал для повести «В ссоре с меньшим братом», о разочаровании интеллигенции в народе. Но в то же время сам писатель продолжал верить в народные силы. В очерке «В облачный день» (1896) говорится о приближающемся народном возмездии. В атмосфере близкой «грозы» писатель задумывает роман о Пугачёве «Набеглый царь».Его привлекает и судьба декабристов, политических каторжан и ссыльных. Интерес к этим темам отражён в рассказе «Последний луч
» (1900). Сюжет рассказа возвращает читателя к жизни Сибири. Именно на фоне суровой сибирской природы автор хочет показать людей, рвущихся к счастью, к свободе. Таковы герои произведений «Марусина заимка» (1899), «Государевы ямщики» (1901), «Феодалы» (1904). В сибирских рассказах Короленко выступает большим мастером пейзажа, особенно выразительны в его поэтике предгрозовые пейзажи: «Молния короткими вспышками освещала реку от берега до другого. <…> Волны вздымались, поблёскивая пеной гребней, и опять падали и утопали во мраке. Будет буря <…>».Короленко не остаётся в стороне от проблематики семидесятничества. С ней связан рассказ «Не страшное
» (1901, 1903), ведущей темой которого становится ответственность интеллигенции перед народом и обществом. Короленко уверяет, что «безрассудство» прогрессивной интеллигенции является обязательной составной частью «общего смысла жизни». Современники высоко оценили выраженные в рассказе идеалы писателя, связывая их с идейным и моральным наследством русской интеллигенции 1870-х гг.