Окончил курс на естественном факультете Гейдельбергского университета в Германии. Специализировался в области зоологии, ботаники, палеонтологии у А. Косселя (будущего лауреата Нобелевской премии). По окончании курса получает степень доктора натурфилософии с оценкой summa cum laude («с высшим отличием»). Тема его диссертации, которую он защищал уже в Московском университете, была сенсационной и легендарной, и это сразу прославило его имя. Он открыл у некоторых животных… третий «теменной» глаз. Работал в Институте сравнительной анатомии Московского университета. В 1906-ом году получил звание приват-доцента и для углубления научного образования опять отправился на два года за границу. Работал в Гейдельберге и Париже. По возвращении в Россию жизнь Новикова пошла двумя, одинаково важными параллелями: академической и общественной. Он избирается гласным в Московскую Городскую думу, где будет плодотворно работать в течение десяти лет. Февральскую революцию Новиков в числе многих других представителей либеральной интеллигенции встретил как процесс освобождения жизни и науки. Съездом кадетской партии в июле 1917-го года выдвинут кандидатом в депутаты Учредительного собрания. Занимается вопросами народного образования. По его инициативе были реформированы некоторые учебные заведения, созданы новые вузы: Киевский и Харьковский коммерческие институты, Тифлисский университет. При его участии была создана специальная комиссия по созыву общероссийского съезда, посвящённого реформе образования. Предполагалось полностью пересмотреть университетский устав и законодательство по высшей школе. Россия могла бы получить систему высшего образования, которая таила новые возможности и перспективы для развития русской науки, культуры и страны в целом.
В годы войны становится председателем Московского отделения Комитета помощи военнопленным, награждён орденом Международного Красного Креста.
Новиков продолжал пользоваться значительным авторитетом и после Октябрьской революции: в 1918-ом году становится деканом физико-математического факультета, а в марте следующего года его избирают ректором Московского университета. Некоторое время он являлся ещё и председателем Научной комиссии при Научно-техническом отделе ВСНХ, которая занималась планированием и экспертизой в области науки и техники.
Уже на склоне лет, Новиков в знаменитых мемуарах «От Москвы до Нью-Йорка: Моя жизнь в науке и политике» напишет и об этом: «Я добровольно не ушёл в эмиграцию, а дождался того, что сама Советская власть принудила меня покинуть родину. Но к этому присоединились ещё два важных момента. Во-первых, я не чувствовал себя вправе покинуть Родину-мать, когда она находилась в жестоко болезненном состоянии и когда мне казалось, что я, хоть в малой мере, могу облегчить её страдания. А во-вторых, мы, члены оппозиции по отношению к прежнему правительственному режиму, видели, что новая власть усвоила себе те методы произвола, с которыми мы были знакомы и прежде, но которые она вознесла на гораздо более высокую ступень».
По списку антисоветской интеллигенции, подлежащей высылке в августе 1922-го года, Новиков числился в составе московской группы, состоявшей из 67 человек. В выписке из протокола Заседания Коллегии ГПУ от 25 августа 1922-го года указано: «Слушали: Дело № 15600 Новикова Михаила Михайловича, обвинённого в антисоветской деятельности. Арестован 16 августа с.г. Содержится во внутренней тюрьме ГПУ. Постановили. На основании п. 2 лит. Е положения о ГПУ от 6/11 с.г. выслать из пределов РСФСР за границу. Освободить на 7 дней, с обязательством явки в ГПУ по истечении указанного срока». «Моя жизнь на родине, посвященная науке и России, кончилась, – писал он об этих днях. – Начиналась новая жизнь на чужбине, которая часто омрачалась всевозможными беженскими скорбями и трудностями. Но и её я старался наполнить и оживить научной работой и служением русскому народу».
Пошёл отсчёт новому, эмигрантскому этапу его долгой жизни.