Но недолго торжествовали враги святого Филиппа. Скоро гнев Божий постиг его гонителей. Бессердечный палач Малюта Скуратов немного после своего злодеяния был тяжело ранен, а потом и убит. Царь видимо тяготился преступлением и положил свою грозную опалу на всех виновников и пособников его казни. Несчастный архиепископ Новгородский Пимен по низложении с престола был отправлен в заключение в Веневский Никольский монастырь и жил там под вечным страхом смерти, а Филофей Рязанский был лишен архиерейства. Не остался забытым и суровый пристав святого — Стефан Кобылин: его постригли против воли в монахи и заключили в Спасо-Каменный монастырь на озере Кубенском. Но главным образом гнев царский постиг Соловецкий монастырь. Честолюбивый игумен Паисий вместо обещанного ему епископства был сослан на Валаам, монах Зосима и еще девять иноков, клеветавших на митрополита, были также разосланы по разным монастырям, и многие из них на пути к местам ссылки умерли от тяжких болезней. Как бы в наказание всей братии разгневанный царь прислал в Соловки чужого постриженника Варлаама, иеромонаха Белозерского Кириллова монастыря, для управления монастырем в звании строителя. И только под конец дней своих он снова вернул свое благоволение обители, жалуя ее большими денежными вкладами и вещами для поминовения опальных и пострадавших от его гнева соловецких монахов и новгородцев.
Вернулись милости царя, но одна потеря была невознаградима для Соловецкой обители — лишение останков незабвенного ее настоятеля святого Филиппа. Прошло уже 20 лет со дня его кончины, и царский престол занимал не Грозный Иоанн, но кроткий и набожный сын его Феодор Иоаннович, а честное тело святителя Филиппа все еще покоилось в Тверском Отрочем монастыре. Горько скорбели об этом благочестивые иноки соловецкие, вспоминая неусыпные труды и попечения святого о благоустройстве их обители. Наконец решили просить своего настоятеля Иакова, чтобы он исходатайствовал пред царем позволение перенести останки святого Филиппа в родную ему обитель Соловецкую. Иаков и сам давно помышлял об этом и потому с любовью принял просьбу иноков, видя в ней как бы извещение Божие.
Нимало не медля, он отравился в путь и, явившись к царю, сказал ему от лица всей братии соловецкой: «Благочестивый царь, даруй нам пустынного нашего гражданина Филиппа, изгнанного с своего престола наветами учеников и погребенного в чужом ему месте. От юности своей он нес труды вместе с отцами обители и ныне на нас висит клятва за то, что причинили ему неразумные. Твое же царское разрешение дарует нам опять благословение, которого мы лишились».
Царь Феодор исполнил просьбу соловецких иноков и дал им грамоту к Тверскому епископу Захарии об отпуске мощей святого Филиппа на Соловки. Захария не мог ослушаться царского повеления и приказал настоятелю Отроча монастыря показать то место, где был погребен святитель. Когда раскопали могилу и вскрыли гроб, воздух наполнился благоуханием, которое разливалось от мощей, как бы от мира многоценного; тело святителя было найдено совершенно нетленным, и даже ризы его сохранились в целости.
Со всех сторон стали стекаться граждане, чтобы поклониться страстотерпцу Христову. Растроганный епископ со слезами припал к гробнице святого Филиппа, умоляя его поминать в своих молитвах к Царю всех Богу тот град, в котором он довершил свой мученический подвиг и где много лет покоились его честные мощи. Вручив затем раку с мощами игумену Иакову, владыка со всем духовенством с крестами и хоругвями при великом стечении народа проводил святыню к берегу реки Волги, откуда старцы соловецкие с радостью повезли ее в свою далекую обитель.
По прибытии святых мощей к соловецкой пристани вся братия в сопровождении множества народа вышли навстречу им со свечами и кадилами. При пении священных песнопений они перенесли раку с мощами святителя в соборный храм Преображения, который он создал своими трудами, и поставили там посредине храма. На следующий день после совершения торжественного богослужения нетленное тело святителя Филиппа было погребено на заповеданном им месте под папертью Преображенского собора, при церкви преподобных Зосимы и Савватия. Там до сего времени сохраняется надпись на белой каменной доске: «Лета 7078 преставился Филипп, митрополит во Твери, декабря в 23 день. Лета 7099 (то есть 1591 г.) привезены мощи Филипповы в Соловецкий монастырь и погребены августа в 8 день». Но ныне эта скромная надпись обозначает уже праздную могилу, в которой мощи святителя покоились в продолжение 55 лет.
Дивный во святых Своих Господь прославил великого угодника святителя Филиппа силой чудотворений. Его честные мощи соделались источником исцелений для всех, с верою призывающих его святое имя. Упомянем о некоторых чудесах святого Филиппа.