Призывая русский народ к единению в духе мира и любви, святой Ермоген при этом хорошо понимал, что такой подвиг будет его пастве не по силам до тех пор, пока она не очистит свою совесть, запятнанную клятвопреступлением, признав в Лжедмитрии истинного царя. Русский народ тем самым нарушил присягу царю Борису и потом сыну его Феодору. Необходимо было разрешить совесть народную от такого греха, но это мог сделать только связавший русских людей клятвою патриарх Иов, живший на покое в Старицком монастыре. Решив даровать русскому народу торжественное церковное прощение в нарушении прежних крестоцелований, святой Ермоген вызывает для этого престарелого Иова из Старицы в Москву. Он отправляет к нему торжественное посольство с грамотой, в которой молит «его святейшество учинить подвиг — приехать в Москву — для великаго государева и земскаго дела». 14 февраля патриарх Иов прибыл в Москву и остановился на Троицком подворье. Через день на совещании обоих патриархов был избран день для общенародного моления Господу о прощении грехов клятвопреступления и было постановлено составить прощальную, разрешительную грамоту. После совещания святой Ермоген оповестил жителей Москвы, призывая их в большой Успенский собор 20 февраля в девятом часу утра. В назначенный день в Успенский собор стеклось множество народа, так что храм не мог вместить всех пришедших и многие стояли вне его. Сюда же прибыли и патриархи Иов и Ермоген со святителями и духовенством. Иов в бедной ризе простого инока стал у патриаршего места, а святой Ермоген, совершив молебное пение, стал на патриаршем месте. Тогда народ, наполнявший храм, с плачем и воплями обратился к Иову с челобитной о том, чтобы первосвятитель простил и разрешил все измены по отношению к царю Борису и сыну его Феодору не только жителям Москвы, но и всей России, даже и скончавшимся; об этом царь и народ молили именно Иова, потому что «от святыни его связаны были и от его святыни хотели и разрешиться». После этой челобитной, прочтенной с амвона архидиаконом, была оглашена разрешительная грамота от имени патриарха Иова, Ермогена и всего освященного Собора. Народ не мог от умиления сдержать невольных рыданий и обращался к Иову со слезными воплями: «Прости, прости нас и дай благословение!» Иов простил, предупреждая от нового великого греха клятвопреступления: «Чада духовные! Впредь молю вас… таковая не творити, еже крестное целование в чем преступати».
Но и духовный подъем, проявленный Москвою 20 февраля в Успенском соборе, не положил конца изменам Шуйскому. Спустя два месяца 15 тыс. царских воинов перешли под Калугой на сторону Болотникова. Царь Василий, посоветовавшись с патриархом и боярами, выступил, напутствуемый молитвами Церкви, против мятежников с оружием. Болотникова и его соумышленников патриарх Ермоген предал проклятию. Передовые отряды Шуйского одержали победу над мятежниками при реке Восми (в 17 верстах от Каширы); святой Ермоген не замедлил разослать по церквам известительные грамоты, приказывая петь благодарственные молебны. В октябре 1607 года многочисленным войском московского царя была взята Тула. Но это мало отразилось на городах Северской Украйны, где продолжала гнездиться смута и где появился даже второй самозванец. Царь Василий, однако, не считал нужным продолжение военных действий для окончательного подавления мятежа, хотя патриарх Ермоген, хорошо понимавший истинное положение дел, советовал царю из-под Тулы идти немедленно в Северский край. Но Шуйский не внял советам дальновидного патриарха: царское войско разошлось по домам, а «врагом тогда рука и возвысися». Вследствие такой неразумной бездеятельности Шуйского успехи мятежного движения в Украйнных городах все более и более увеличивались, так что второй самозванец, опираясь на польско-шляхетскую и казацкую вольницу, утвердился в подмосковном селе Тушине. Царь Василий решил тогда обратиться за военной помощью к шведскому королю Карлу IV. Патриарх Ермоген восставал против призыва в Русские пределы шведских войск, уговаривая защищаться народными силами; но союз со шведами все-таки был заключен и впоследствии послужил одним из главных поводов вторжения польского короля Сигизмунда в Русскую землю. Так, по словам одного современника, «видел добрый пастырь царя малодушествующего, много пользовал его от своего искусства и не имел успеха».