Растлевающий дух измены усилился влиянием соседнего Тушина. «Не только в простых людях, — говорит об описываемом времени житие сподвижника святого Ермогена преподобного Дионисия, — но и во многих князьях и боярах была большая расшатанность, и разделились как чернь, так и знать надвое: один брат в Москве с царем Василием в осаде, а другой в Тушине с Вором; или часто отец в Москве, а сын в Тушине. И таким образом сходились ежедневно на битву сын против отца и брат против брата». «Расшатанность» не осталась без печального воздействия и на многих представителей духовенства. «Тогда, — сообщает один памятник, — возбесишася многие церковницы, чтецы и певцы, священники и диаконы и иноцы мнози», радуясь «всякому злодейству». Против «крамольников священнаго чина», прельстившихся вместе с мирянами, патриарх Ермоген принимает ряд мер: одних он старался отвлечь от зла поучениями и просьбами, других — временным церковным запрещением, наиболее же упорных и «скверных кровопролитников» патриарх подвергал проклятию, чем многих удерживал и отвращал от измены. Но «кающихся истинно» святой Ермоген принимал с любовью, прощал их, «многих от смерти избавлял ходатайством своим».
Проживая в Тушине и не будучи в состоянии овладеть Москвою, Тушинский Вор посылал из-под Москвы свои отряды в различные места, «подводя под свою воровскую руку самую сердцевину Московского государства, междуречье Оки и Волги. Один из таких отрядов, представлявший собою сбродное войско из поляков, казаков и русских изменников, численностью, однако, почти в 30 тысяч и под начальством самого способного польско-литовского полководца Яна Сапеги осадил 23 сентября 1608 года Троице-Сергиев монастырь. Осажденные неотступно просили царя Василия о помощи. Наконец патриарх Ермоген указал царю на необходимость поддержки монастыря не только как народной святыни, но и потому еще, что со взятием обители «весь предел Российский до океана моря погибнет, крайняя теснота будет и царствующему граду». В Троицкую обитель, чудесно защищаемую молитвами преподобных Сергия и Никона, была послана некоторая помощь.
Между тем в Москве, лишенной подвоза хлеба, начался голод. Пользуясь стесненным положением жителей, торговцы хлебом повысили цены до необычайных размеров, до семи рублей за четверть. От этого, конечно, прежде всего и сильнее всех страдали бедняки. Печалуясь за бедных, святой Ермоген созвал в Успенский собор бояр и купцов и здесь заклинал их понизить цены из сострадания к несчастным беднякам. Но сердце последних оказалось глухо к милосердному призыву архипастыря. Тогда святой Ермоген приказал вывезти на рынок троицкий хлеб, находившийся в амбарах при Богоявленском монастыре, и продавать его по умеренным ценам.