Игумен Иоиль горячо взялся за дело присоединения Благовещенской обители к своему монастырю. Строителя его Адриана он хотел перевести в свой монастырь и неожиданно приехал в Монзенскую обитель. Но строитель и старцы скрылись. Не найдя никого и не имея возможности исполнить свое намерение относительно прп. Адриана, Иоиль взял из монастыря церковные книги и увез их с собою. Когда по отъезде его прп. Адриан вернулся в свою обитель, то он увидел, как прп. Ферапонт ходил и мел двор монастыря крыльями своей мантии. При этом вслух всем подвижник говорил: «Прах и смрад твой да выйдут с тобою и козни бесовские да изгонятся».
Когда прп. Адриан начал тужить о пропаже церковных книг, святой угодник утешал его, предсказывая, что игумен Иоиль скоро впадет в лютую болезнь и раскается. Действительно, все предсказания прп. Ферапонта исполнились в точности. Благовещенская обитель осталась самостоятельным монастырем. Игумен Иоиль скоро заболел и, раскаявшись, прислал взятые из обители книги и письмо преподобному Ферапонту с просьбой о прощении. Старец Иов, виновник всех этих несчастий обители, побоялся снова вернуться в нее и поселился для подвигов в пустынном уединении. Но его нашли там разбойники, убили и тело его закопали во рву городища.
Благовещенский монастырь был всегда дорог преподобному Ферапонту. Он чудесно содействовал его устроению и перенесению на новое место, защищал его от недоброжелателей и притеснителей. Наконец, он чудесно изыскивал средства для содержания бедного монастыря.
Один раз прп. Ферапонт пришел к строителю прп. Адриану и сказал: «Иди в царствующий град Москву. Ты найдешь там архимандрита Пафнутия больным, и не в Чудове монастыре, а у митрополита на Крутицах». Прп. Адриан спросил: «Откуда ты получил эту весть?» «Подробно об этом узнаешь там, — отвечал преподобный, — архимандрит желает тебя видеть».
Преподобный Адриан поверил словам святого Ферапонта и отправился в Москву. Архимандрита Пафнутия, как и предсказал прозорливый угодник, он нашел больным в Крутицах. В беседе о делах Благовещенской обители, о подвижнике Ферапонте и его дивных деяниях архимандрит Пафнутий спросил Адриана: «Возвратился ли к тебе тот старец, который был у меня недавно с твоим письмом?» При этом он взял письмо и показал прп. Адриану. Удивился старец, видя письмо, написанное собственной рукой. В нем говорилось о нуждах монастырских: о колоколах, книгах и церковных сосудах. Но преподобный помнил, что такого письма он не писал никогда. Расспросивши Пафнутия о старце, принесшем письмо, Адриан узнал в нем преподобного Ферапонта, чудесно явившегося митрополиту Крутицкому и Пафнутию, так как подвижник в то время не оставлял монастыря и прп. Адриан никогда не посылал его в Москву. Когда узнал обо всем этом Крутицкий митрополит Геласий, то вместе с Пафнутием он дал прп. Адриану обильную милостыню на нужды монастыря. Так заботился прп. Ферапонт о своей обители и чудесно помогал ей.
Два с половиной года прожил угодник Божий в Монзенском монастыре. Он непрестанно пребывал в молитве, в трудах и воздержании. Каждый день приходил в придел святителя и чудотворца Николая и плакал о душе своей, памятуя о часе смертном и Страшном суде.
Господь открыл Своему угоднику о дне и часе его кончины. Прп. Ферапонт казался братии здоровым и бодрым, но готовился к смерти. Он призывает отца своего духовного преподобного Адриана и братию и обращается к ним с прощальным словом. «Близок конец моей жизни, — сказал со слезами преподобный, — я отхожу от нее и предаю дух мой в руце Божии. Господь да сохранит вас и утвердит в любви Своей. Я же, хотя и отхожу телом, но не отступаю от вас духом своим, если между вами любовь будет».