Это было утром 11 декабря. Простившись с братией, он просил прп. Адриана приобщить его в тот же день за литургией Святых Христовых Таин и завещал духовному отцу, чтобы по смерти он причастил его святой богоявленской водой. Прп. Ферапонт отстоял Божественную литургию и приобщился Святых Таин. Братия, видя подвижника еще крепким, не хотели верить, что он скоро умрет. Весь день и ночь святой провел в уединенной келейной молитве. Следующий день был воскресный, неделя праотец пред Рождеством Христовым. Прп. Ферапонт последний раз пришел в храм Божий к утрени и по окончании ее испросил благословение и прощение у своего духовного отца, второй раз простился с братией и удалился в келлию. Вся братия монастыря вместе с игуменом отправились к преподобному, чтобы еще раз услышать от него прощальное слово. Но братия и теперь сомневались в близости кончины прп. Ферапонта, так как подвижник всем казался бодрым и здоровым. Когда пришли в келлию, то увидели, что святой почил. Он лежал на своем одре в мантии и куколе. Лицо его было покрыто парамандом, а в головах почившего стояло кадило с горящими углями и фимиамом. Великое благоухание распространилось по всей обители и даже за ее стены. Зажженные свечи стояли перед образами. Блаженная кончина прп. Ферапонта последовала, по всей вероятности, в 1597 году, 12 декабря, через 16 лет после пострижения его в монашество. Исполняя предсмертную волю почившего угодника, прп. Адриан причастил его богоявленской водой. Тогда уста почившего сами отверзлись и лицо его просияло. День чудесного преставления преподобного Ферапонта ознаменовался и другим чудом — исцелением инока Протасия от болезни глаз, которой он страдал с детства.
После смерти своей преподобный продолжает творить обильные чудеса. Многие больные, приходя к его гробу, получали исцеления по мере веры и усердия молитвы к преподобному. Обитель, в которой подвизался прп. Ферапонт, не раз была спасаема им от бед и скорбей, от нашествия литовский ратников, от нападения разбойников, от боярских притеснений.
Святой угодник Божий помогал своей чудесной помощью особенно тем христианам, которые обнаруживали расположение к его обители. На реке Костроме, прямо против Благовещенского монастыря, был большой порог, который затруднял плавание по реке. Случилось раз, что из Солигалича вниз по Костроме плыл караван стругов с солью. Когда суда подошли к порогу, торговые люди сошли на берег и решили сходить в монастырь, чтобы отпеть там молебен и призвать на помощь прп. Ферапонта. Но один из них, именем Вавила, не захотел этого сделать. Он сказал: «Много таких старцев, неужели все они святые?» И остался на берегу, когда его товарищи отправились в монастырь, молились там, дали в обитель соли и денег.
Начали спускать суда через порог. Первые шесть стругов, принадлежавшие хозяевам, помолившимся в монастыре, прошли благополучно. При этом один инок и некоторые из торговых людей видели, что какой-то незнакомый ветхий старец, одетый в куколь, мантию и лапти, садился на корму каждого струга и правил им на опасном месте. Когда проводили последний струг, принадлежавший Вавиле, к нему привязали веревки, чтобы держать судно на берегу, и в то время, когда судно проходило порог, какой-то юноша (так видели некоторые) перерубил веревки. Тотчас же струг понесло по порогу, он бился о камни, накренился набок, вода его заливала и он готов был потонуть. Вавила бросился на землю, валялся и кричал: «Горе мне окаянному, все потерял — и свое, и чужое». Другие уговаривали его: «Согрешил ты: изрек хулу на преподобного Ферапонта и не послал в монастырь милостыни. Струги товарищей твоих прошли, а ты страдаешь». Вавила беспрестанно кричал: «Святче Божий, прости меня грешного!» И мысленно обещался снести в монастырь часть соли, чтобы преподобный помог ему. Сразу струг Вавилы выпрямился и стал по течению. Незнакомый старец стал пред стругом на речной быстрине и, распространив крылья своей мантии против волн, не пускал воду заливать судно. Снова привязали веревки. Старец подошел к корме, повернул ее своей рукой и направил струг куда следовало, так что он благополучно прошел порог.
Вразумленный Вавила тотчас же пошел в монастырь. Он дал строителю преподобному Адриану денег и соли и просил его отпеть молебен. Потом рассказал о происшествии и дал обет заходить в монастырь, молиться и давать милостыню каждый раз, когда придется ему проезжать мимо. Один инок монастыря, наблюдавший все происшествие с берега, и один из хозяев удостоверили прп. Адриана в этом чуде угодника Божия святого Ферапонта.