В то время многие окрестные монастыри и пустыни были подчинены Троицкому монастырю и игумен Троицкий наблюдал за их хозяйством и образом жизни братии. Преподобный Арсений и эту обязанность старался исполнять в точности. Несмотря на то, что многолюдство его собственного монастыря требовало неусыпных трудов и надзора со стороны игумена, он находил еще время посещать и эти монастыри, чтобы лично наблюдать за ними и собственным примером руководить братию. Особенно он любил посещать обитель современника Сергия преподобного Стефана Махрищского, находившуюся в 35-ти верстах от Троицкой, чтобы в ее пустынном безмолвии хотя несколько успокоиться и приобрести новые силы к прохождению своей многотрудной должности. Там однажды махрищский игумен Иона объявил ему, что благоговейный инок Герман, уже столетний старец, вышедши ночью из своей келлии, увидел огонь, горящий под древесными ветвями над местом погребения преподобного Стефана, и тогда, ужаснувшись необычайности явления, поспешил сказать ему о том, что и он сам из окна своей келлии увидел тот огонь, как бы луч света, сиявший от могилы Стефана. Преподобный Арсений, приняв это за знамение благодати Божией, дарованной преподобному Стефану, приказал поставить над его могилой гробницу, осенять ее покровом и возжечь пред ней большую свечу, затем, совершив соборне Божественную литургию, установил, чтобы с тех пор ежегодно праздновалась в обители память преподобного.
Если бы преподобный Арсений не был возведен на высокую степень игумена и оставался по-прежнему в числе братства, не обращая на себя особенного внимания других, то, может быть, он и не подумал бы никогда оставить Троицкую обитель, в которой принял иноческое пострижение, дал обещание пребывать до смерти и провел уже столько лет. Но начальство над братией, неизбежные отношения с богатыми и сильными мира, всеобщий почет и уважение, оказываемое ему, как преемнику Сергиеву, лежало тяжелым бременем на смиренной душе подвижника. Часто вспоминал он о своей прежней жизни, когда ничем не развлекаемый и заботясь только о самом себе, он мог всецело предаваться богомыслию, любовь к пустыни и безмолвию начала возгораться в его сердце все более и более, пока наконец преподобный, будучи не в силах противиться влечению своего сердца и зная, что великий князь и все братия не согласятся отпустить его, решился тайно оставить свое место и удалиться в незнакомые места, чтобы в уединении всецело посвятить себя на служение единому Богу.
Наслышавшись о неизмеримых лесах севера и зная, что еще при преподобном Сергии и с его благословения из Троицкого монастыря ушли туда некоторые и основали там собственные монастыри и пустыни, преподобный Арсений в 1527 (или в 1529) году вышел из монастыря и направил свой путь в эту сторону, для него совершенно неизвестную. Он обошел много лесов и пустынных дебрей, ища для себя удобного места, и наконец, руководимый Промыслом, достиг Вологодской страны. Здесь, незадолго пред тем временем (около 1525 года), в расстоянии 40 верст к северо-западу от г. Вологды, в верховьях малой речки Бабайки явилась чудотворная икона Божией Матери Одигитрии. Услышав об этом новом знамении милосердия Божия, преподобный Арсений пошел в то пустынное место, где явилась икона, и, соорудив себе малую келлию, стал подвизаться в ней в посте и молитве. Но со времени явления св. иконы пустынное место перестало быть безмолвным от множества приходивших туда богомольцев, поэтому, пробыв здесь несколько времени, он оставил свою келлию в основание будущей Мяслянской пустыни и снова пошел странствовать по болотам и дебрям Комельского леса, усердно прося Господа, чтобы Он Сам указал ему место для жительства.