Через 100 лет игумен Комельского монастыря Иоасаф (1656–1665) построил на месте прежнего храма новый, каменный, с двумя приделами: во имя преподобного Сергия Радонежского и преподобного Арсения — над местом его погребения. Позднее над мощами преподобного была устроена гробница.
Святитель Мартирий, архиепископ Новгородский, родился в Старой Руссе. На северо-восточной стороне города, близ правого берега реки Полисти, он основал в 1192 году мужской Преображенский монастырь. На Новгородскую кафедру святой Мартирий был поставлен по жребию после смерти святителя Григория († 1193; память 24 мая/6 июня). 10 декабря 1193 года его посвятили в сан архиепископа в Киеве. Святитель Мартирий прославился как неутомимый строитель храмов. В мае 1195 года он заложил храм во имя Божией Матери на городских воротах, 13 сентября 1196 года освятил храм в честь Воскресения Христова в новой женской обители у озера Мячина. В январе 1197 года святитель освятил храм во имя свт. Кирилла Александрийского в одноименном мужском монастыре в трех верстах от Новгорода. В 1197 году он заложил в Плотницком конце Новгорода женский монастырь во имя святой великомученицы Евфимии, построенный благочестивой молодой жительницей Городища. В января 1197 года святитель Мартирий освятил в Преображенском монастыре Старой Руссы храм во имя свт. Никифора, патриарха Цареградского. В мае 1198 года он начал строить каменный храм в честь Преображения Господня, а 15 августа того же года освятил его. В том же году княгиня Елена, супруга князя Ярослава Владимировича, построила на Торговой стороне на Молоткове храм в честь Рождества Пресвятой Богородицы в монастыре, основанном святителем Мартирием. Храм был построен в память следующего чуда. Один набожный новгородец каждый день ходил в церковь. Однажды он возвращался домой и, устав, заснул и обронил Богородичную просфору. Собаки, почуяв хлеб, подбежали к просфоре, но отскакивали прочь, прогоняемые невидимой силой.
Великий князь Всеволод был недоволен новгородцами, и в 1199 году святитель Мартирий вместе с представителями горожан отправился во Владимир. По дороге, на берегу озера Селигер, он скончался 24 августа 1199 года. Тело его перевезли в Новгород и погребли в Мартириевой паперти Софийского собора, получившей это название потому, что была построена святителем Мартирием. Известен его образ в алтаре Новгородского Софийского собора.
Святитель Петр, митрополит Московский и всея России, скончался 21 декабря 1326 года (сведения о нем помещены под 21 декабря/3 января) и был погребен в приготовленной им самим гробнице в стене Успенского собора Московского Кремля, с левой стороны жертвенника. В 1472 году древний Успенский собор, к тому времени обветшавший, стали перестраивать. В присутствии митрополита Московского Филиппа I (1464–1473) и нескольких епископов 14 июня разобрали надгробие святителя и увидели нетленные мощи, лежавшие открыто и сиявшие небесной славой. Оказалось, что в 1382 году во время пожара при нападении на Москву полчищ хана Тохтамыша огонь проник в гробницу святителя и уничтожил гроб святого. Тело же осталось невредимым.
Честные мощи святителя Петра были переложены в новую каменную гробницу. Тогда же собор епископов установил праздник перенесению мощей святителя Петра 1 июля. Через два года строившийся храм обрушился, мощи святителя были засыпаны, но не повредились. Великий князь московский Иоанн III вызвал из Италии выдающегося зодчего Аристотеля Фиоравенти, под руководством которого 17 апреля 1475 года был заложен новый Успенский собор. Мощи святителя Петра были на время поставлены в храме во имя преподобного Иоанна Лествичника (по другим источникам, под Ивановскую колокольню). 12 августа 1479 года новый Успенский собор был освящен. 24 августа честные мощи святителя Петра митрополитом Геронтием (1473–1489) с епископами, великим князем Иоанном Васильевичем (1440–1505) и его сыном Иоанном (1458–1490) были торжественно перенесены в новый собор и поставлены на прежнем месте. В этот день было установлено празднование в честь перенесения мощей святителя Петра, Московского и всея России чудотворца (прежнее празднование 1 июля было отменено).
От святителя Петра сохранилось три послания. Первое — к священникам с увещанием достойно проходить пастырское служение, усердно пасти духовных чад. Оно заканчивается изложением церковного законоположения о вдовых священниках: с целью ограждения их от нарекания и соблазнов им предлагалось поселяться в монастырях, а дети должны были определяться на воспитание и обучение в монастырские школы. Во втором послании святитель призывает священников быть истинными пастырями, а не наемниками, заботиться об украшении себя христианскими и пастырскими добродетелями. В третьем послании святитель Петр снова дает наставления священникам об их пастырских обязанностях, а мирян увещевает исполнять заповеди Христовы.