И через некоторое время в густой чаще леса, у слияния речек Лежа и Кохтыш, в 40 верстах от Вологды, с его плеч сорвало ношу. Преподобный присел отдохнуть и вдруг увидел необыкновенный свет, озаривший окрестность. Уразумев откровение Божие, святой Арсений на месте явления света построил себе небольшую келлию и начал подвизаться в посте и молитве, дни проводя в труде, а ночи — в бдении. Он думал, что зашел в такую лесную глушь, в которой никто уже его не потревожит и не нарушит его безмолвия, но видно нет на земле такого места, где бы искушение не могло постигнуть человека. «Видевше себе беси поругани бываемы от блаженнаго Арсения и изгоними от места того святаго, воздвигоша брань на него и многа искушения и досаждения святый претерпе от них», — говорит описатель его жития. Не возмогши победить подвижника сами, невидимые враги насылали на него видимых в лице окрестных жителей, возбуждая в них зависть и гнев против святого. Крестьяне, ходившие сюда то для рубки леса, то для звериной и рыбной ловли, сочли себе помехой уединенную келлию пустынника, опасаясь, чтобы со временем она не разрослась в монастырское общежитие и не овладела окрестными землями. Чтобы изгнать его из пустыни и удержать за собой землю, они стали наносить преподобному различные обиды и притеснения. Смиренный старец противопоставлял им сначала христианское терпение и кротость, стараясь победить их злобу своей любовью; потом, когда притеснения сделались слишком часты и невыносимы, так что однажды злые люди, пришедши в келлию и не заставши в ней самого Арсения, убили жившего с ним келейного его старца, тогда он, по слову апостола, дал место гневу (Рим. 12, 19) и, оставивши Комельскую пустыню, удалился оттуда верст за тридцать в дикий Шилегонский лес, на речку Шингор. Полное уединение этого места вполне соответствовало сердечному влечению святого Арсения служить Господу в безвестной пустыни. И, прилагая труды к трудам и подвиги к подвигам, блаженный подвижник, как огнем, горел любовью к Богу, вперив к небу ум свой. Но сколько ни нравилась ему эта уединенная жизнь и как он ни рад был своему безмолвию, оно скоро должно было прекратиться.
Господь, не желая доле оставлять светильника Своего как бы под спудом, восхотел, чтобы это духовное сокровище обогатило и других и чтобы подвиги его послужили примером и назиданием для многих. Крестьянин Алексей Охотин один раз пришел в Шилегонский лес с собаками ловить зверей, и собаки отбежали от него, и он, отыскивая их, нечаянно набрел на келлию отшельника. Старец принял его с отеческой любовью и стал спрашивать у него, как он нашел его келлию, так как преподобный до него не видел в лесу ни одного человека и не знал, далеко ли находятся селения. Когда охотник рассказал ему подробно обо всем, то преподобный, видя в нем человека простого и доброго, долго беседовал с ним, поучая страху Божию, и, отпуская, он велел ему искать собак по речке Шингоре на мысу Кривике и при этом сказал: «Там найдешь их с большой добычей». Удивился охотник прозорливости старца, когда в самом деле нашел своих собак с добычей именно на том месте, где сказал ему преподобный. Добычей, пойманной собаками была дорогой цены лисица, с которой охотник тотчас же возвратился к келлии старца и просил его принять ее в дар, но старец отказался от подарка и посоветовал жертвователю употребить цену ее на милостыню. Через этого охотника келлия Арсения сделалась известной и один за другим стали приходить к нему из окрестности для духовных бесед монахи и миряне. Старец всех принимал с отеческой любовью, поучал всем сердцем любить Господа, пролившего за нас кровь Свою на кресте, и ближних как самих себя. Когда некоторые из посетителей, желая постоянно иметь его своим наставником и руководителем в духовной жизни, стали принимать от него пострижение и селиться близ его келлии, преподобный Арсений водрузил крест и построил часовню для общей молитвы. Таким образом в дремучем Шилегонском лесу составилось братство любителей безмолвия и основалась пустыня, известная впоследствии под названием Александро-Коровиной (позднее Троицкая пустынская церковь).